2018年1月5日，管中閔經由臺大校長遴選委員會管中閔為新任校長。
同月25日，民進黨立委張廖萬堅「倒因為果」烏龍爆料聲稱，管中閔與暨南大學教授陳建良於中研院和台大舉辦「網路與貿易研討會」聯名發表論文，遭檢舉涉嫌不當引用陳建良指導的暨大碩士班張姓學生的學位論文。
事實上，張廖萬堅早發現張生的論文裡面已有提到引述參考「陳建良和管中閔的手稿」；當事人暨南大學教授陳建良也出面澄清，是張生引用他的部分研究手稿。
同月26日，臺大研究誠信辦公室開會認為該研討會論文非「正式學術論文」故不必另行調查是否涉嫌抄。
不過教育部誓不罷休，八次以遴選過程有瑕疵為由發函要求台大「進行實質審查」、補件說明並釐清疑問，暫緩管中閔正式上任。
教育部的荒謬理由約略為：
一、副董選獨董：臺大校長遴選委員確認無迴避必要。
二、管中閔兼獨董有沒有揭露：管的資料僅是推荐團體填寫，管所兼獨董屬市場重大訊息，不僅完全依照股市重大訊息程序發布，還循校內程序申報，揭露之責亦不在管。
三、學術倫理爭議：台大誠信辦同樣覆函教育部，沒有問題。
說來可笑，教育部除了卡臺大校長當選人管中閔之外，教育部長潘文忠還在立法院答詢時表示，現行國內公私立大學專任教師，以專案、專職方式到大陸任教，或參與大陸國家重點研發計畫，明顯違法。教育部會在明確規範下，嚴格處理，也會積極提醒現職教授，避免觸法。
根據遠見雜誌針對「大陸31項惠台措施」進行民意調查，調查發現有71.5％民眾擔心人才外流，68.5％對政府應變能力沒信心，更有61.6％年輕人在惠台措施後會增加到大陸發展意願。
再者，遠見雜誌對於「中國政府對台灣人民的友善程度」進行調查。
年齡層落於18至29歲的「天然獨」世代，10年前調查顯示認為大陸對台不友善的比例，高達50.8％，但10年後的今天，下降至39.8％，成為所有年齡層中最低的。
友善占比也從35.5％增加至40.8％，是所有年齡層中最高的族群，更有近六成（59.6％）願意到大陸發展，顯示「天然獨」世代對大陸看法已大不相同。
中央研究院經濟研究所特聘研究員彭信坤表示，某前台灣大學經研所博士班畢業生，要在台灣找教職工作，連私立大學的職缺都找不到，最後與大陸的山東大學聯繫，對方給予年薪近200萬元的條件。現在中國又對我國高教人才大放利多，可以想見，未來我國高教人才流失的情況，會更加嚴重。
文化大學新聞系系主任胡幼偉指出，目前福建一些大學待遇至少都有150萬的條件，比起台灣教授年薪最高僅120萬左右還多，因為新聞傳播屬於文科，甚至還聽聞過理工、環保、農業等退休師資甚至有400萬、500萬的年薪。
客觀事實來看，中國大陸「31項惠台措施」對台宣布多項利多，其中包括讓台灣的大學可以申請他們的國家重點研發計畫，並鼓勵台灣教師去任教，在台取得的學成果可以納入評鑑之外，尚涵蓋多個層面。我們例舉如下：
一、台灣醫界方面： （相關報導： 觀點投書：當「獨的更獨」碰上「硬的更硬」 ｜ 更多文章 ）
（1）就讀大陸碩班醫學生可申請大陸醫師資格考，獲證書後可申請執業註冊（2）台灣醫師則可透過相關認定獲大陸醫師資格，申請短期註冊行醫，期滿可再申請。
