監察院2009年通過大巨蛋工程糾正案，調查報告中直指，馬英九擔任市長時的台北市府和遠雄雙方議定的「興建營運契約」，大幅更動原本在招標公告上的契約草案，更動比例高達9成以上，修改後的合約有39項違失，顯然對遠雄有利。監委調查時曾就39項合約違失函詢已由郝龍斌接手的北市府，郝市府竟然含糊地答覆說，「…關於大院上列所詢問…疑義 ，係當時本案議約專案小組暨專業顧問公司依據促參法施行細則第22條規定與本案申請須知第7章議約及簽約規定辦理議約過程，本府現今似無立場強予解釋」，監委們認為郝市府對合約違失明顯「敷衍塞責，確有可議」。
市府幕僚直言，郝市府處理大巨蛋案態度，一如忠孝西路公車專用道案的翻版，馬市府時代的錯誤決策和執行，郝市府為了怕打臉馬英九而不敢改正，任由錯誤持續下去。馬市府時代在2003年12月30日公告招標大巨蛋案，選定遠雄並和遠雄重新議約後，雙方在2006年10月3日簽下「不平等」的「興建營運契約」；但郝龍斌上台後，坐視這份割地賠款的「興建營運契約 」，頂多縮小了一點大巨蛋量體，還是跟隨馬市府腳步執行大巨蛋案。所以郝龍斌說他上任後「割了遠雄的地」，其實只是稍微縮小馬市府時代的割地賠款，頂多割了馬市府的地，還是慷市民之慨。
2009年監察院糾正郝市府，要求改正39項合約違失，郝龍斌仍不作為，一直到2014年7月才姍姍來遲地回覆說，有關監察院糾正「興建營運契約」議定事宜，「該府已與遠雄公司進行9次協商會議在案，惟因契約議定需雙方達成協議後始得為之，該府將持續召開後續協商會議」，明顯敷衍了事。
監委調查大巨蛋案時，將北市府的招標公告契約草案和最後簽訂的「興建營運契約」比對發現，草案中的23條條文大幅修改了21條，除第11條「土地租金」、第12條「權利金」未變更外，其餘21條均已變更，且改動條文中，研判結果較有利於北市府者計有2項，較有利於遠雄者計有47項。
監委提出大巨蛋案的合約疏失計39項，如「…甲方承諾於本契約簽訂之日起一年內，完成本基地範圍內地上物之拆遷作業。另展延期間不計入許可年限及興建期間」，片面容許遠雄展延工期，且展延期間不計入許可年限，「似向乙方利益傾斜」；又原約定遠雄「於任何情形均不得索賠」，後修改為遠雄得以「1.不知可能影響契約履行狀況或2.不可預料情事發生」向市府索賠；又原規定禁止遠雄就契約的權利義務轉讓、分割、設質等處分，改為經北市府事前書面同意得為之，不僅有利遠雄，且違反促參法。
