監察院2009年通過大巨蛋工程糾正案，調查報告中直指，馬英九擔任市長時的台北市府和遠雄雙方議定的「興建營運契約」，大幅更動原本在招標公告上的契約草案，更動比例高達9成以上，修改後的合約有39項違失，顯然對遠雄有利。監委調查時曾就39項合約違失函詢已由郝龍斌接手的北市府，郝市府竟然含糊地答覆說，「…關於大院上列所詢問…疑義 ，係當時本案議約專案小組暨專業顧問公司依據促參法施行細則第22條規定與本案申請須知第7章議約及簽約規定辦理議約過程，本府現今似無立場強予解釋」，監委們認為郝市府對合約違失明顯「敷衍塞責，確有可議」。
市府幕僚直言，郝市府處理大巨蛋案態度，一如忠孝西路公車專用道案的翻版，馬市府時代的錯誤決策和執行，郝市府為了怕打臉馬英九而不敢改正，任由錯誤持續下去。馬市府時代在2003年12月30日公告招標大巨蛋案，選定遠雄並和遠雄重新議約後，雙方在2006年10月3日簽下「不平等」的「興建營運契約」；但郝龍斌上台後，坐視這份割地賠款的「興建營運契約 」，頂多縮小了一點大巨蛋量體，還是跟隨馬市府腳步執行大巨蛋案。所以郝龍斌說他上任後「割了遠雄的地」，其實只是稍微縮小馬市府時代的割地賠款，頂多割了馬市府的地，還是慷市民之慨。
2009年監察院糾正郝市府，要求改正39項合約違失，郝龍斌仍不作為，一直到2014年7月才姍姍來遲地回覆說，有關監察院糾正「興建營運契約」議定事宜，「該府已與遠雄公司進行9次協商會議在案，惟因契約議定需雙方達成協議後始得為之，該府將持續召開後續協商會議」，明顯敷衍了事。
監委調查大巨蛋案時，將北市府的招標公告契約草案和最後簽訂的「興建營運契約」比對發現，草案中的23條條文大幅修改了21條，除第11條「土地租金」、第12條「權利金」未變更外，其餘21條均已變更，且改動條文中，研判結果較有利於北市府者計有2項，較有利於遠雄者計有47項。
監委提出大巨蛋案的合約疏失計39項，如「…甲方承諾於本契約簽訂之日起一年內，完成本基地範圍內地上物之拆遷作業。另展延期間不計入許可年限及興建期間」，片面容許遠雄展延工期，且展延期間不計入許可年限，「似向乙方利益傾斜」；又原約定遠雄「於任何情形均不得索賠」，後修改為遠雄得以「1.不知可能影響契約履行狀況或2.不可預料情事發生」向市府索賠；又原規定禁止遠雄就契約的權利義務轉讓、分割、設質等處分，改為經北市府事前書面同意得為之，不僅有利遠雄，且違反促參法。
更誇張的是，監委提出的合約疏失中，原本契約草案中要求得標廠商應研擬「基地安全監控執行計畫、緊急事故發生應變措施及通報市府系統與方法」，但該條文竟被刪除，取消原定應由施工單位負責履約事項，且影響基地及人員安全；更離譜的是，連營運績效評估內容，原屬市府監督權限，竟然也改由「雙方協商訂定」；且在修改的合約中將北市府進入大巨蛋基地監督營運，增列「不影響乙方營運、由乙方陪同」的限制條件，自行弱化市府監督機制；甚至還刪除了遠雄應擬訂停車管制及環境管理計畫。
尤其令監委們不滿的是，這份大幅修改後的「興建營運契約」，竟然刪除了「應以附屬事業之盈餘填補體育場館營運虧損」，明顯切割遠雄在該松菸基地興建的附屬事業對體育場館的財務支援。亦即依該契約，不管未來遠雄在松菸興建的商場、電影院、飯店等大賺錢，也不需支應大巨蛋館的營運虧損。市府幕僚直指此條款根本就是讓遠雄利用大巨蛋工程取得在周邊興建商場等設施後，未來可以完全不顧大巨蛋的營運績效。監委更質疑，政府容許民間機構經營不具公益性之「附屬事業」，主要為支撐公共建設本業的營運，但此一條文「不僅增加公共建設本業營運風險，且違反政府促進民間參與公共建設之意旨」。
另外，雙方因不可抗力而終止契約，遠雄將剩餘資產移轉給市府繼續興建或營運時，原公告契約內容是「無償移轉」，但簽約時竟改為「鑑價移轉」，且鑑價費用由雙方負擔，又增加了遠雄和市府談判的籌碼。
