有些科學家指出，石正麗已多次表示，墨江礦工疑似是真菌感染，並非感染病毒；這與當時的研究論文及石正麗在《自然》期刊上的最新表述相矛盾，後面的觀點稱這些礦工被認為感染了一種病毒。
石正麗沒有回覆記者的採訪請求。
許多科學家迫切希望查看武漢病毒研究所曾經公開的數據庫，裡面包含約22000個樣本和病毒序列，其中有15000個來自蝙蝠的樣本和病毒序列。該數據庫已於2019年9月份下線。石正麗今年2月向WHO新冠溯源專家組表示，該數據庫是在遭到3000多次網路攻擊後下線的。
WHO專家小組成員、紐約非營利組織生態健康聯盟（EcoHealth Alliance）主席達扎克（Peter Daszak）稱，該專家組訪華時沒有要求查看這些數據。此數據庫包括武漢病毒研究所透過與生態健康聯盟合作收集到的資訊。生態健康聯盟由NIAID資助，與武漢病毒研究所合作研究過蝙蝠冠狀病毒。達扎克今年稍早稱，生態健康聯盟與武漢病毒研究所有過合作，「因此我們基本上知道」這個數據庫裡有哪些病毒，沒有一個病毒比RaTG13更接近SARS-CoV-2。
另外，他和WHO專家組的其他科學家表示，RaTG13在基因上與SARS-CoV-2非常不同，而且從未在實驗室成功培養過。WHO專家組負責人恩巴瑞克（Ben Embarek）表示：「我們當然討論過這個問題。」他說：「據我們所知，只存在一個序列。沒有病毒。他們從未成功從蝙蝠糞便樣本中培養出病毒。」
如果武漢病毒研究所只有基因序列，就不可能有具有感染性的RaTG13病毒從該實驗室洩漏。只有基因序列也引發了人們疑問，在以序列為基礎生成人造病毒的實驗中，序列究竟能發揮多少作用。
不過其他科學家表示，如果不查看武漢病毒研究所的實驗室日誌、樣本記錄和病毒數據庫，就無法獨立查核這一點，而且研究論文顯示，該研究所的工作人員將其培養的部分蝙蝠冠狀病毒與其他病毒的基因物質相結合。
達扎克在WHO專家小組的角色讓部分人感到不安，因為他與武漢病毒研究所關係密切，而且他在去年年初聲明拒絕接受實驗室洩漏假說。達扎克表示，在申請加入專家小組時向WHO提交了利益衝突聲明。WHO已表示，認為他的工作不構成衝突。
實驗室實驗
武漢病毒研究所正在進行的實驗引發了爭議，這些實驗透過結合現有蝙蝠冠狀病毒的成分來建構新病毒，以確定它們是否會對人類更具傳染性。
這類實驗有時被稱為「功能獲得性」研究，長期以來在科學家中一直存在爭議。支持者稱，這是確定未來流行病的潛在來源和開發疫苗的最佳途徑。批評人士則表示，有害的基因強化病毒從實驗室洩漏的風險太大了。科學家對於哪些類型的實驗算是功能獲得性研究爭論不休。
