行政院長賴清德上任後，12日晚間宣布軍公教調薪3%，政策宣布後引發網路討論，有人將賴揆政策跟馬政府時代吳敦義出任閣揆的調薪時間點進行比較，也有反對軍公教年金改革人士在網路上散佈「3%調薪幅度，7月將被公保與退撫費率調高完全抵消」的謠言，行政院人事總處表示，明年7月年金改革上路，現任軍公教人員每個月的退撫提撥雖然會逐年提高，但絕非像網路傳言，3%被「退撫提撥漲6%」與「公保漲6%」吃掉。
行政院昨天晚上宣布調高軍公教薪資後，賴清德今天接受媒體訪問時特別強調，該案是「舊案」，但是經濟情勢已經有一些改善，在徵詢過前閣揆林全後，作出調薪決策，他還特別以最近股市站穩一萬點，明年證所稅可望增加，作為明年軍公教加薪的主要財源。
行政院指示 刪節部分政務預算作為調薪財源
主計總處表示，財政部先前在編列明年度歲入預算時，對明年度「證交稅」編列過於保守，重新編列後，明年歲入可望增加70億元歲收，人事總處方面估算軍公教人員全面調薪3%，所需財源為180億元，行政院方面指示，在不增加明年度歲出規模前提下，各部會檢討明年度不具迫切性的計畫，刪節部分政務預算作為這次軍公教調薪財源。
由於公教人員年金改革新制將在明年7月正式上路，主計總處預估上路初期，政府的人事費用不會明顯減少，因此，在賴揆拍板軍公教人員明年度調薪3%後，明年政府人事費用可能「不減反增」。不過，由於民進黨政府過去一年推動年金改革過程，已導致軍公教人員對政府的疏離，賴揆的調薪動作某種程度也算是與軍公教人員修補關係。
人事總處官員表示，本次軍公教人員調薪和吳揆的調薪，最大的差異在於吳揆當時是在送出中央政府總預算後，再就軍公教調薪部分另外提追加預算，賴揆則直接要求各部會編入明年度總預算，其他部分，像調薪部分採取本俸與專業加給同時調整，和吳揆做法相同。
銓敘部：公保逐年調漲 退撫提撥僅針對本俸調整
不過，在軍公教調薪方案出爐後，網路上已經開始有反年改人士攻擊這項調薪政策，強調明年7月軍公教人員退撫提撥將漲6%，公保保費也將漲6%，軍公教的薪資將不增反減。
對於上述說法，銓敘部退撫司司長呂明泰表示，這樣的說法言過其實，因為公保法定保費上限從12%調高為18%，係逐年調漲，退撫提撥的增幅，也是隨公務人員本俸進行調整，實際調整幅度要等公務人員調薪方案出爐後才能確定。呂明泰表示，這次公務人員調薪如果主要透過專業加給調整，對於公教人員的退撫提撥影響就不大。
以超徵證交稅做為加薪財源 恐過於樂觀
但本次軍公教調薪的主要理由，「證交稅」明年度收入可望優於預期的假設，部分係取決與稅改方案通過與否，事實上，包括金管會主委顧立雄在內，都強調最近台股萬點行情背後，主要係股市大戶預期稅改方案通過所導致資金回籠，拿證交稅明年度可望超徵70億元，作為軍公教加薪「財源」，現階段似乎過於樂觀。 （相關報導： 林規賴不隨！賴清德拍板明年軍公教加薪3% ｜ 更多文章 ）
更有趣的是，財政部為響應軍公教加薪，諭令公股行庫配合加薪，公股行庫退休人員的13%優存，財政部方面迄今仍尚未提出，財政部次長蘇建榮今天還特別強調，公股行庫現職人員的調薪，和退休人員13%調整是獨立事件，公股行庫調薪是否會間接影響未來盈餘繳庫金額？蘇建榮表示，「若調薪可以提高公股行庫整體生產力，公股行庫獲利並不會受影響。」
