1996年4月，杜達耶夫死於俄軍的火箭襲擊，車臣境內無人能指揮作戰，只好暫時與俄羅斯在8月31日簽訂停火協定（Khasavyurt Agreement），協定中明文將車臣地位問題暫時擱置5年，並訂於2001年的12月舉行獨立公投。1997年1月，馬斯哈多夫（Aslan Mashkadov）當選車臣共和國的新任總統，同年5月，車臣共和國與俄羅斯簽署了以Khasavyurt停火協定為基礎的和平條約，但馬斯哈多夫仍對外堅稱車臣的獨立地位，無視和平條約的存在。
1999年7月，車臣武裝團體領袖巴沙耶夫（Shamil Basayev）率領5000人突襲俄軍，8月，車臣民兵結合伊斯蘭激進瓦哈比（Wahhabi）教派襲擊鄰近的達吉斯坦共和國（Republic of Dagestan），製造紛亂。9月，車臣獨立運動份子利用火箭攻擊位於莫斯科的一棟公寓，造成300多人死亡，加強了俄羅斯鎮壓車臣獨立的決心；10月，時任俄羅斯總統的普京（Vladimir Putin）下令俄羅斯軍隊再度進入車臣境內鎮壓，開啟了第二次車臣戰爭的序幕。
第2次車臣戰爭於2000年7月即告結束，同年1月，馬沙卡多夫被俄羅斯政府宣布其總統職為無效後，便躲藏到車臣南部的山區，與巴沙耶夫以及瓦哈比教派人士分別領導車臣獨立運動。俄羅斯總統普京指派卡迪洛夫（Akhmed Kadyrov）擔任車臣共和國的臨時行政長官，從此，車臣獨立運動轉為游擊隊，不斷在俄羅斯各地發動恐怖攻擊事件。
2002年12月，車臣召開人民代表大會討論車臣未來的新憲法和選舉法草案，2003年3月車臣舉行歷史上首次的公投，儘管國際間對於公投的公正性多所質疑，但根據公投的結果顯示，車臣大多數人民仍然認為車臣是俄羅斯聯邦領土的一部分；同年10月，卡迪洛夫當選新任車臣共和國的總統。聯合國的統計指出，從1994年第1次車臣戰爭爆發到2002年底為止，總計有18萬車臣人因戰亂而喪生，約35萬車臣居民流離失所。
