陸委會主委王郁琦27日宣佈，為因應未來兩岸簽署協議更趨專業，並顧及外界對協議審查流程的關切，今年將針對兩岸協議建立一套兩階段審議制度，未來兩岸洽簽的所有協議，在提報行政院審查通過後，將再送交國安會，邀集專家學者進行第二階段審查，以評估協議對國家安全的衝擊。目前接近簽署階段的兩岸氣象及地震協議，將首先適用此一新機制。
王郁琦在陸委會年終記者會上，宣佈上述將推動建立兩岸協議的國家安全審查機制，以確保兩岸每項協議都不會對我國家安全、國防、社會等相關層面造成負面衝擊。他表示，這項方案已陳報國安高層，未來會逐步推動落實。
根據陸委會規劃，未來每項兩岸協議在簽署之後，將循往例提報行政院進行跨部會審查，審查通過後，再送交國安會，由負責的諮詢委員或副秘書長邀集專家學者，就國防、政治、社會，及經濟等衝擊進行評估。
王郁琦表示，兩階段審議機制的建立，是為了引入多元和中立的意見，使協議在國安考量上更加全面、週延。他強調，因應兩岸未來將簽署的協議越來越專業，需要引進更加多元專業的意見，以評估是否對國家安全產生影響；藉由透過兩階段制度的建立，未來除了協議主管機關認定是否有國安疑慮外，還可透過不同層級的機關進行影響評估。
