第2批接運滯留湖北台胞包機一波三折，分別由台灣華航和大陸東方航空執飛，不過因有人未報到、有人不配合檢疫，最終搭機人數從470人下修到361人。湖北省台辦表示，台灣方面是在3月7日鬆口同意兩岸航班共同執飛，但拒絕大陸提出讓30多位台胞做為候補名單的提議，對此感到遺憾。
湖北省台辦11日凌晨透過中國官媒《新華社》表示，東方航空載運首批247名滯留湖北台胞於2月3日返台後，陸方即於2月5日提出後續運送台胞方案，由於台灣方面一再阻擋拖延，一直未能實施。截至3月8日，滯留湖北申請協助返鄉的台胞共計1169人。
湖北省台辦負責人表示，這次運送一波三折，陸方於2月26日提議，由兩岸航空公司以臨時航班方式共同運送，遭台灣方面拒絕；直到3月7日台方終於同意陸方安排，陸方迅速彙整407人運送名單。
對於最後僅361人回台，湖北台辦負責人指出主要有三類情況：一是部分台胞在9日做最後統計確認時改變想法，其中一些人不希望回台後接受14天強制隔離；二是有台胞向武漢集結過程中，經體溫檢測有發燒症狀，也有台胞不願做核酸檢測，他們最後都沒登機；三是有大陸配偶未成年子女原本在台灣生活，因受台灣方面最近的特別限制無法返台，其母親只能留下來照護。
針對第三種情況，湖北台辦負責人強調：「這類情況雖然是個別的，但台方（對陸配子女返台）限制有悖親情。」
湖北台辦負責人指出，這407人涉及湖北15個市州，需返台就醫、用藥者超過四成；此外，隨家長同行的少兒約占34%、急需返台復工者占23%；還有臨時來湖北、滯留一個多月且在湖北沒有固定住所人員近40人，有許多是滯留在十堰、宜昌及神農架等較遠地區人員。
這名負責人表示，這次運送中令人遺憾的是，在一些台胞因各種原因未參加運送、飛機艙位出現空缺情況下，原本計畫在不超出原定運送總數範圍內，遞補30多位急需回鄉的台胞參加10日運送，但遭到台灣方面拒絕，一些台胞對此感到很失望。 （相關報導： 武漢包機能平安返台，到底多不容易？8張圖輯看出台灣世界級防疫水準 ｜ 更多文章 ）
負責人認為：「台灣個別政客此前不斷為台胞返鄉製造障礙，現在卻聲稱在台胞返鄉問題上用心盡力，這與實際情況大相逕庭。如果他們真的用心盡力，就不會讓原本單純的運送一拖再拖，延宕一個多月；如果他們真的用心盡力，就應該同意30餘位台胞關於飛機載運空缺遞補的合理要求。」
