協商已久的第2批武漢包機於10日晚出發，中央流行疫情指揮中心表示，搭乘包機的民眾與一開始給出的名單相差約2、30人，事先掌握機上有不少兒童，故防疫團隊將面罩以手作的方式改良尺寸，以供小朋友使用。另外，隨機的醫護人員不僅要全程10小時穿著隔離衣不能吃、喝、拉，在返台後還須接受居家隔離14天。
10日親自到武漢負責指揮的指揮中心醫療應變組副組長王必勝表示，此次返台國人中有不少的兒童，衛福部桃園醫院同仁協助手作適合的面罩，當華航包機飛抵武漢時，也將相關物資提供給東方航空，確保2班包機上的孩童有足夠防護。
王必勝指出，包機上座位有分流分艙的設計，無發燒且無呼吸道症狀的民眾歸類為「綠色」，坐於前方經濟艙；無發燒但有呼吸道症狀者則為「紅色」，經評估僅1人，就安排該名成人與他的孩子一起坐在後方，綠色及紅色2區差距至少5排座位，東航的做法則稍有不同，但也有類似的分流概念。
王必勝表示，這次一起執行武漢包機的醫護人員共有13人，4名醫師與9名護理師，醫師部分除了自己，另有疾管署防疫醫師林詠青、衛福部桃園醫院小兒科主任李倩瑜和婦產科專長的衛福部嘉義醫院院長黃元德。10名醫護人員搭乘華航從台灣出發時就已經全副武裝，從台灣到武漢再返回台灣，全程10小時隔離衣包緊緊，過程中不能進食、上廁所。
另外搭乘東航返台的3名醫護人員，被中國要求以「旅客」身分入境再出境，考量到若從台灣出發時就穿著隔離衣可能難以忍受，故入境中國時除配戴口罩外無其他特別的防護裝備，直至準備從武漢出境時才著隔離衣，返台後須配合居家隔離14天。
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