與此同時，鍾南山認為目前疫情的防控工作也面臨諸多問題和挑戰。
「首先，疫情局部集中爆發，醫療資源匱乏。目前，政府及相關部門汲取SARS期間北京小湯山醫院的成功經驗，在武漢火速新建火神山醫院和雷神山醫院，總計安置2300張床位，建成後將大大緩解患者救治問題；在醫務人員方面，全國各地已組織多批醫療專家團隊支援武漢；在醫療物資方面，則需要政府與社會力量的通力合作，保證疫情一線的物資配給。」
「第二，尚需做好患者分流，減輕定點醫院壓力。時值冬春交替、氣候多變，常見呼吸道病原體如流感病毒等也同處於流行季節，而疾病早期通過臨床表現無法準確區分判斷患者是否為2019-nCoV感染還是其他常見呼吸道病毒感染，需依賴病原體診斷。然而，基層醫院病原體診斷力量不足，導致無法對患者進行分流，使得發熱患者在沒有分流的情況下集中至有限的定點醫院中，造成相關醫院面臨巨大壓力，也嚴重影響了患者救治和疫情防控。因此亟需提高基層醫院病原體篩查診斷能力，實現患者分流救治，減輕疫情防控壓力。」
「第三，需切實做好院感防控。疫情高發如武漢等地患者激增，相對醫療資源短缺，極易導致院感發生，威脅醫務人員和群眾安全。需要優化流程管理，切實保障一線醫院院感防控設施、設備及相關物資配給。」
