種族戰爭的報復對象，還是以沒有武裝力量的馬來人為主。進入1945年以後，日軍逐漸將兵力從馬來半島上的中小型城鎮與鄉村撤出，用於因應英軍可能發起的兩棲登陸並保衛大型城市。於是馬來亞人民抗日軍逮到了挺進這些真空地帶的機會，並陸續建立起紅色政權。紅色政權一成立，他們就開始以各種理由為藉口對馬來人實施報復。
人民抗日軍要求馬來人向紅色政權繳稅，並提供物資與情報援助，凡是不願意配合的馬來村莊幹部，都會立即遭到「殺無赦」的命運。只要你是馬來人，只要有稍微一丁點的不配合，就隨時會憑空消失。馬來警察、巡捕、公務員與村里長因為過去都是由日軍指派，往往成為報復的首要目標。在慘遭殺害以前，他們往往會先領教一次「馬共」殘酷的肢體虐待。
許多馬來婦女被人民抗日軍強迫到軍營裡做飯，有些比較不幸的則遭到調戲或者強暴。為「馬共」激怒的馬來人，紛紛要求日軍協助訓練馬來人的武裝來抵禦華人。於是日軍仿效在印尼的做法，協助馬來亞各馬來村落訓練名為鄉土防衛義勇軍（Pembela Tanah Air）的民兵武裝來抵禦人民抗日軍的侵擾。華人與馬來人的武裝衝突，於1945年4月開始進入白熱化階段。
日軍將下鄉清鄉的工作通通交給鄉土防衛義勇軍處理，讓華人與馬來人進攻彼此的時間大幅增加。類似的種族戰爭在柔佛州尤其激烈，而且還催生出了一支比鄉土防衛軍更為激進，名為「聖戰紅軍」（Red Bands of the Sabilillah）的穆斯林武裝力量。「聖戰紅軍」完全將與馬來亞人民抗日軍的戰爭視為聖戰，不只配合日軍清剿「馬共」，還四處進攻華人村落。
他們揮舞著手中的穆斯林大刀，任意砍殺無辜的華人婦孺，大幅強化了華人與馬來人之間的種族仇恨。「聖戰紅軍」不會區分他們屠殺的華人是共產黨的還是國民黨的，甚至連親日華人也一起砍殺。根據國民政府的戰後統計，1945年4月到8月之間總共有4,000名華人慘死在柔佛的馬來人武裝手中，還有約20,000名華人被迫流離失所。
只是身為二戰戰勝國的國民政府，並沒有辦法為華僑提供保護。挺身而出力抗的鄉土防衛義勇軍、「聖戰紅軍」與印度國民軍的，只有馬來亞人民抗日軍。華人與馬來人的相互傷害，從日本投降的1945年8月15日到皇家海軍艦隊重返新加坡的1945年9月4日這段時間，更是因為整個馬來半島陷入無政府狀態而進入高峰。
自視為漢民族代表的「馬共」，突然被「驅除韃虜，恢復中華」時代的老同盟會上身，高舉起青天白日滿地紅的旗幟猛烈報復與清算馬來人。過去「國際主義」的左翼主張已經完全消失，取而代之的是捍衛華人利益的「極右翼民族主義」信仰，而且表現得比國民黨本身還要誇張。事實上到了這個階段，無論是抗日還是親日，支持國民黨還是支持共產黨的華人，都只剩下人民抗日軍可以依靠。
