英國與「馬共」從「敵人的敵人就是我的朋友」角度出發，暫時放下意識形態的糾葛，成為共同抗日的盟友。「馬共」的武裝力量馬來亞人民抗日軍，更成為日軍統治馬來半島的頭號威脅。在「國際反法西斯統一戰線」與「抗日民族統一戰線」的號召下，就連許多不是共產黨的華人，包括三合會與國民黨員也紛紛加入馬來亞人民抗日軍。
馬來亞人民抗日軍高舉的紅色旗幟上，有著象徵華人、馬來人與印度人的三顆黃色五角星。可實際上參與馬來亞人民抗日軍的幹部與士兵，還是有85%以上是來自廣東與福建省的華人。雖然不能排除少數志願參軍的馬來人與印度人，但絕大多數馬來亞人民抗日軍的「非華人」都是被強制徵兵的。英軍對馬來亞人民抗日軍的支持，則進一步跨大了三大族群之間的裂痕。
最早「馬共」是聲稱，要與馬來人、印度人共同趕走英國人，建立一個沒有族群與宗教之分的馬來亞人民共和國。可如今「馬共」自毀承諾，和過去誓言要打倒的英國殖民主義者站在一起，自然是增加了馬來人與印度人對華人的仇視。所以在日軍昭南憲兵隊的號召下，馬來警察與巡捕大量投入於搜捕「馬共」的鬥爭之中。
印度的國家英雄蘇巴斯·錢德拉·鮑斯（Subhash Chandra Bose），更是以新加坡為據點建立了自由印度政府，準備配合日軍一起打回印度。他組織的印度國民軍（Indian National Army）裝備精良又訓練有素，是馬來亞人民抗日軍所不敢輕易招惹的武裝力量。「馬共」唯一敢做的，是對那些與日軍合作的個別華人、馬來人以及印度人精英施以暗殺「制裁」。
包括布倫（Bren）輕機槍等英軍先進武器，則經由136部隊（Force 136）送往馬來亞提供給馬來亞人民抗日軍。但馬來亞人民軍將英軍空投到馬來亞的先進武器偷偷藏起來，持續以戰爭初期於叢林中撿拾到的大英國協殘留武器與日軍周旋。顯見此刻的馬來亞人民抗日軍，已經在暗中準備日本投降後另外一場與英軍的戰爭。
但是在英軍回來以前，馬來亞人民抗日軍首先要先肅清的是馬來半島內部的頭號敵人。這個頭號敵人並不是即將被美國打敗的日本，而是在二戰時替日軍服務的馬來人、印度人以及反對共產主義的華人。相關的種族肅清行動，於1945年1月展開，這是一場馬來亞人民抗日軍針對馬來人與印度人的血腥報復，潘朵拉的盒子終究還是被日本人給打開了。
「馬共」的種族報復
以抗日為旗號的馬來亞人民抗日軍，雖然聲稱不寬恕任何戰時與日本人勾結的「叛國」人士，但他們針對的目標顯然是以馬來人與印度人居多。不過印度國民軍雖然在進攻印度英帕爾（Imphal）的戰爭中失敗了，卻仍在新加坡保持相對強大的兵力存在，甚至還有由日軍提供給他們的戰車，所以「馬共」還是不太敢招惹他們。
