年底首都之戰，柯文哲打出在野黨大聯盟，頻向藍軍遞橄欖枝。由於柯文哲在台大醫院擔任17年的外科加護病房主任，醫治過的病患不分男女老少也不論藍綠，除了對手連勝文之外，不少藍營政治人物都與柯文哲有過「同室情誼」，包括台中市長胡志強夫人邵曉鈴、國民黨立委兼中常委徐欣瑩的媽媽簡百合等，也都受過柯文哲的幫助。
此外，也有一段少為人知的故事，就是柯文哲在近20年前當實習醫師時，目睹時任教育部長的李煥乖乖排隊就醫的畫面，讓柯文哲印象深刻，也覺得李煥是個沒有架子的國民黨政府官員。
柯文哲曾在2006年投書蘋果日報民意論壇，這篇「在權勢之前 我們竟矮了身子」的投書，其實是在檢討「趙建銘案」，認為台大應該反省與檢討，同時也揭露了這段往事。這篇投書刊出後，李煥之子、國民黨立委李慶華曾詢問過當時還在世的李煥，確認這段往事。
此外，國民黨立委兼中常委徐欣瑩胞弟徐世勳市議員競選總部上月底成立，雖然是同屬藍營，但由於無黨參選，因此連陣營派代表出席，反觀柯文哲是親自現身，還熱情和徐欣瑩寒暄互動，引發暗通藍營聯想。
原來，早在徐欣瑩從政之前，徐家與柯文哲早就認識，早已是10多年情誼，徐媽媽生病要北上到台大就醫，徐欣瑩就是透過柯文哲的協助安排，徐媽媽也受到柯文哲的照顧，兩家一直有保持互動，沒想到徐、柯兩人現在都步上政壇。
2006年，胡志強與邵曉鈴在輔選行程中發生嚴重車禍，邵曉鈴陷入深度昏迷，柯文哲與朱立倫在餐會碰到面，柯建議可使用葉克膜，朱轉告胡志強，胡再轉告奇美醫生與柯聯繫，再由柯文哲指揮台大急救小組並派員下台南，以葉克膜技術使邵曉鈴存活。
不只藍營政治人物與柯文哲有「同室情誼」，競選對手連勝文4年前中槍，就是送到台大醫院，由柯文哲指揮外科急救團隊，在台大醫院醫療團隊配合下進行搶救。由於在選前1天，一度被懷疑是造假，柯文哲當時也出面駁斥傳聞。
