其後曾永賢在調查局接受轉化教育，並專心投入「匪情研究」工作，在新店青潭薈廬資料室工作三十七年，成為當代中共研究專家。
曾永賢回述歷史時說，研究匪情首先看走路和站位的順序，誰是第一、誰是第二，絕對不會錯亂，這項參考依據稱為「排名學」。中共領導人一旦被貶失勢，馬上就會被換下來，這方法到現在還是很管用。
三一○辦公室為操控兩岸密使管道
曾永賢相當關注中共在台灣的內應情形，要留意共產黨內部鬥爭和表裡不一的作為，以及「好話說盡，壞事做絕」的真面目。他說自己絕不是「反共八股」和「恐共病」的人，「這是長期研究中國共產黨，尤其是對其地下黨活動的深入瞭解後所得出的想法和結論。」
蔣經國逝世後，李登輝接下大位。李登輝與江澤民執政時建立兩岸密使管道，張榮豐、曾永賢扮演兩岸密使的關鍵角色。張榮豐透露：「當年他跟曾永賢在總統府共用一個辦公室，對外招牌是國統會，對內稱為『三一○辦公室』。」
據瞭解，李辦與江辦之間，蘇志誠與曾慶紅擔任特使，是指揮調度的核心樞紐；實際執行任務，則是由兩岸當局指定的小組負責，台灣由曾永賢、張榮豐主導，大陸則由中共元帥葉劍英之子、總政聯絡部長葉選寧負責。
曾永賢所負責的任務，則是與中共幕僚進行政策理念的實質溝通，包括終結動員戡亂時期、規畫新加坡辜汪會談、海基會海協會的對口機制。
先聲明「不會打到」的飛彈危機
資深記者王銘義在《波濤滾滾》書中披露，九二年秋，北京玉泉山九號樓招待所內，統籌中共對台情報的葉選寧，對密訪北京的曾永賢說：「兩岸問題在老一輩都在的時候比較好談，如果你哥哥曾永安不要那麼早過世就好了，兩岸問題，現在就你們兄弟來談了！」
外傳兩岸密使相會的玉泉山九號樓，在文革末期曾是葉劍英和華國鋒等召開會議、粉碎「四人幫」的最高司令部。但熟悉內情的張榮豐透露，當時會面地點並不是在玉泉山九號樓，而是在西山十五號樓，「當年雙方對話機鋒處處，曾永賢並沒有神情緊張，雖然沒帶相機記錄，但後來對岸有送來合影照片。」
據日本《產經新聞》刊載《李登輝秘錄》指出，曾永賢在九三年以後曾於香港、澳門、泰國、菲律賓、印尼、馬來西亞、越南等地與葉選寧或其部屬進行會面，一年大約見兩次。而雙方會談的議題，除了圍繞在國家大事，也會針對台灣參加奧運會等事務，與中共官方進行祕密協商。
據《李登輝秘錄》報導，九五年七月，曾永賢在家中接到來自中共高層的「極機密傳話」，立刻驅車趕往總統府。因李登輝六月應母校美國康乃爾大學邀請演說「台灣的民主化經驗」，引發對岸強烈反彈，揚言不惜動武。這通機密電話預告對岸雖將發射飛彈，但不會波及台灣本土，台灣不要貿然軍事報復，讓李登輝鬆了一口氣。
兩岸祕密溝通尚未解密
兩岸密使從九○年代初持續運作到九九年七月李登輝提出「兩國論」才結束。兩岸當局所授權的祕密溝通，對兩岸相互瞭解與政策認知，也就是「相互摸底」的溝通對話，對後續政策的規畫與擬訂的確曾發揮正面效應。
曾永賢於二○○八年卸下中華歐亞基金會職務正式退休。他對人生的心路歷程，收錄在國史館出版的《從左到右六十年》一書，但並未觸及外界最好奇的兩岸密使內情。在李辦與江辦之間的兩岸密使管道，至今尚未解密。據張榮豐轉述，曾永賢生前跟他說：「就由你（張榮豐）留下紀錄了。」 （相關報導： 從參與共產黨被逮...到成為李登輝最核心「兩岸密使」 曾永賢97歲高齡逝世 ｜ 更多文章 ）
曾永賢小檔案（1924～2019）出生地：苗栗銅鑼（客家人）學歷：苗栗第一公學校、千葉縣明倫中學、早稻田大學政治經濟科經歷：1946年加入日本共產黨的共青團、1947年加入中共台灣省工委會、1950年進入中國大陸、1953～1990年調查局自新人員、1992年在北京密會中國國家主席楊尚昆，開啟兩岸密使管道、1994年任中華歐亞基金會執行長
