「我從未在自然界看過如此美麗的顏色，大概只有寶石才能比擬……這種蟲子我們稱之為opalinum，牠在水裡顯現出各種光澤與顏色，我們彷彿看到一枚真正的蛋白石；我們把牠放在裝了鹹水的玻璃杯裡，仔細檢視數小時；牠在水中敏捷地四處衝刺，每個動作都顯示出變化無窮的色彩。」
在整趟航行中，海洋生物的收集持續進行，其中一些標本至今仍收藏在博物館中。有個大烏賊顎部標本據信是班克斯於1769年3月3日，也就是奮進號進入太平洋不久後收集到的。他在日誌裡寫著：「這天我也發現一隻剛死的大烏賊漂浮在水面，軀體已被鳥啃成碎片，種類難以辨識；我只知道用這隻烏賊煮的湯是我喝過最好喝的湯。」
九月中，奮進號在葡萄牙島嶼馬德拉（Madeira）停泊五天，班克斯與索蘭德首次有機會在陸地上收集樣本。他們獲得島上英國主任醫師湯瑪斯．赫伯登（Thomas Heberden）的協助，赫伯登同時也是一名熱心的自然哲學家。班克斯以批判的眼光審視島上「簡單而未改良」的工業，然後帶著十八世紀海外英國人的優越感，貶低葡萄牙人「遠遠落後歐洲其他國家，大概只有西班牙人比他們還差」。儘管如此，班克斯承認「這裡的氣候非常好，任何人都希望住在這裡，享有英國法律與自由帶來的好處」。
10月26日，奮進號越過赤道。依照海軍傳統，船員們會舉行儀式，將從未到過南半球的人丟進海裡。班克斯寫道：「庫克船長與索蘭德博士都在黑名單上，我、我的僕人與狗也在上面，我不得不用一定數量的白蘭地向負責把人丟入海中的船員討饒，如此他們才願意放過我們。」
里約熱內盧（Rio de Janeiro）是葡萄牙帝國在南美洲的中心，探險隊到了此地，希望上岸卻遭到拒絕，對方要求除非有軍隊陪同，否則不准採買補給品。庫克提到他與總督見面時的狀況：「他顯然不相信我們要到南方觀測金星凌日的說法，他認為這只是我們編出來的說詞，用來隱藏我們從事的其他任務。」班克斯偷偷上岸一天，發現自己深受這個國家吸引，「這裡充滿種類多樣的動植物，絕大多數是博物學家從未描述過的」。他把葡萄牙人的守口如瓶歸因於他們想隱瞞黃金與鑽石富礦的地點，儘管如此，他還是想找出這些礦脈。他記錄這些礦脈「位於內陸，實際上沒有人知道要走多遠……因為只要被發現沒有充分的理由走在路上，就會立刻被絞死。」
＊作者威廉．弗萊姆（William Frame）是大英圖書館現代檔案與手稿組組長。蘿拉．沃克（Laura Walker）是大英圖書館現代檔案與手稿組1850-1950年部門負責人。本文選自作者著作《庫克船長與太平洋：第一位測繪太平洋的航海家，1768-1780》（左岸文化）
