在庫克航行之前，南太平洋對歐洲人而言主要是個想像空間。從古希臘時代以來，人們一直相信有個南方大陸存在，其大小足以與廣大的北方陸塊相比。托勒密（Ptolemy），人稱西方地圖學的創立者，在二世紀時指出南方大陸的存在，之後南方大陸便一直出現在許多歐洲地圖中。曾經有個理論提到，當地球繞著軸線旋轉時，為了讓世界保持平衡，南方必定有一塊面積與亞洲相當的陸塊。早期繪製的美洲地圖似乎支持這項說法，因為南北兩方各有一塊看似相等的陸塊。
1767年，英國製圖師亞歷山大．達林普爾（Alexander Dalrymple）出版了《南太平洋發現史》（An Account of the Discoveries made in the South Pacifick Ocean），他在書中表示，從航海者瞥見的陸地可以得知，在太平洋肯定有廣大的陸塊等待我們去發現。他寫道：「我們擁有古代留下的紀錄，加上後人經驗的指證，可知在南方大陸上有著物阜民豐的國家；對從事商業的國家來說，沒有任何事比發現新的國家與人民更令人感興趣，不僅能激勵產業，也能為製造業開啟新的出路。」他也提到，「考慮陸地與水的相對重量，赤道南方還需要一塊大陸與北方的陸地抗衡，以維持地球運行所需的均衡。」
1768年4月，庫克奉命率領海軍部－皇家學會聯合探險隊前往太平洋觀測金星凌日。身為製圖師與天文學家，庫克擁有的技術是他獲選的關鍵，或許同樣深富意義的是選來航行的船隻原本是惠特比的運煤船，最近才剛改名為奮進號。海軍部與皇家學會共同同意指令內容，他們要求庫克經由合恩角（Cape Horn）航行到大溪地，「盡一切努力，至少提早一個月或六個星期抵達當地」，如此才有時間準備觀測。大溪地是最後一刻才選定的地點，這是根據1768年4月，薩繆爾．沃利斯率領的英國探險隊返航，帶回了歐洲人第一次登陸大溪地的消息之後所做的考量。
離開大溪地之後，庫克還有第二批指令要執行，這些指令裝在密封的袋子裡，由海軍部單獨下令。這些指令要求庫克尋找新的土地，包括南方大陸，發現這些土地「將可大大增添國家做為海上強權的榮譽，提升大不列顛君主的尊嚴，並且讓國家的貿易與航海更往前邁進」。若能發現土地，庫克將測量海岸線與「觀察土壤的性質與土地的產物；居住或出沒在該地的野獸與禽鳥，以及發現的各種魚類」。指令中也提到，「如果你發現任何礦藏、礦物或珍貴石頭，每一種你都要採集樣本返國，此外還有各種樹木、果實與穀物的種子，都必須盡可能收集。」
海軍部也指示如何與奮進號造訪地的居民建立關係。這些指令可能是基於沃利斯在大溪地的行動而起。根據沃利斯的說法，他的船下錨停泊時，遭到獨木舟船隊猛烈攻擊，為了驅散這些船隻，他只好下令舷側大砲開火，殺死許多攻擊者。他還將大砲對準在岸邊觀看的群眾，殺死的人不計其數，之後他登陸並且宣稱這座島已被征服，歸英國所有。當時衝突的詳細過程，與其他許多這類事件一樣，大溪地人這一方的說詞完全沒有留存下來。
海軍部指示庫克：
「如果有原住民，要觀察他們的天資、脾氣、性格與人數，並努力以一切適當的方法與他們培養友好關係與訂立盟約，選擇能讓他們珍視的小東西為贈禮，邀請他們進行貿易，在各方面都以禮貌與尊重的態度對待他們；然而，要留意對方偷襲，小心提防各種意外。」
至於之前從未有歐洲人造訪過的土地，海軍部則指示，「你也要在原住民同意下，以大不列顛國王之名在該國取得便利地點」。
庫克也收到皇家學會會長兼經度委員會（Board of Longitude）專員莫頓勳爵（Lord Morton）的書面建議。莫頓敦促庫克「避免濫用火器」，而且要牢記：
「讓那些人流血是最嚴重的罪行……在他們居住的幾個地區，他們是自然的擁有者，而且從最嚴格的意義來說，他們是合法的所有者。除非他們自願同意，否則歐洲民族沒有權利占領他們國家的任何部分，也沒有權利與他們一同居住。征服這些人並無正當性，因為他們絕不是侵略者。」
莫頓的關注反映出兩種觀點，首先是啟蒙運動反對過去歐洲進行海外征服與殖民的做法，其次是愛國的觀點，認為在英國自由價值影響下進行的探索與促進貿易，兩者可以不同的方式進行。西班牙「征服者」（conquistadors）在南美的所做所為經常被援引為無情對待其他民族的明證。博物學家約翰．佛斯特曾參與庫克的第二次航行，他表示，「在一個較為粗鄙的時代裡，西班牙人是殘酷的；我們應該帶著更多光明與原則，努力不讓自己重蹈西班牙人的覆轍而受後世指責。」
儘管不乏這些善意，海軍部與莫頓勳爵給予庫克的指令依然有許多曖昧不明之處。什麼是與不熟悉歐洲法律與風俗的民族培養友好關係與訂定盟約的「適當方法」，什麼是不適當的方法？登陸陌生之地，若不知道當地的權力結構或社會風俗，區別「自衛」與「濫用火器」是否真有那麼簡單？在缺乏共同語言、法律與經濟制度的狀況下，是否可能在當地居民「自願同意」下取得土地？
大西洋
1768年8月26日，奮進號從普利茅斯出發。英國船員熟悉北大西洋水域，庫克日誌的前幾頁因此相當平淡。相較之下，約瑟夫．班克斯的日誌就充滿了興奮之情。庫克熟悉而且覺得無足稱述的海域，對班克斯來說是許多生物的家園，許多尚未被科學界分類或描述。9月4日，班克斯提到當天抓到的一隻昆蟲：
「我從未在自然界看過如此美麗的顏色，大概只有寶石才能比擬……這種蟲子我們稱之為opalinum，牠在水裡顯現出各種光澤與顏色，我們彷彿看到一枚真正的蛋白石；我們把牠放在裝了鹹水的玻璃杯裡，仔細檢視數小時；牠在水中敏捷地四處衝刺，每個動作都顯示出變化無窮的色彩。」
在整趟航行中，海洋生物的收集持續進行，其中一些標本至今仍收藏在博物館中。有個大烏賊顎部標本據信是班克斯於1769年3月3日，也就是奮進號進入太平洋不久後收集到的。他在日誌裡寫著：「這天我也發現一隻剛死的大烏賊漂浮在水面，軀體已被鳥啃成碎片，種類難以辨識；我只知道用這隻烏賊煮的湯是我喝過最好喝的湯。」
九月中，奮進號在葡萄牙島嶼馬德拉（Madeira）停泊五天，班克斯與索蘭德首次有機會在陸地上收集樣本。他們獲得島上英國主任醫師湯瑪斯．赫伯登（Thomas Heberden）的協助，赫伯登同時也是一名熱心的自然哲學家。班克斯以批判的眼光審視島上「簡單而未改良」的工業，然後帶著十八世紀海外英國人的優越感，貶低葡萄牙人「遠遠落後歐洲其他國家，大概只有西班牙人比他們還差」。儘管如此，班克斯承認「這裡的氣候非常好，任何人都希望住在這裡，享有英國法律與自由帶來的好處」。
10月26日，奮進號越過赤道。依照海軍傳統，船員們會舉行儀式，將從未到過南半球的人丟進海裡。班克斯寫道：「庫克船長與索蘭德博士都在黑名單上，我、我的僕人與狗也在上面，我不得不用一定數量的白蘭地向負責把人丟入海中的船員討饒，如此他們才願意放過我們。」
里約熱內盧（Rio de Janeiro）是葡萄牙帝國在南美洲的中心，探險隊到了此地，希望上岸卻遭到拒絕，對方要求除非有軍隊陪同，否則不准採買補給品。庫克提到他與總督見面時的狀況：「他顯然不相信我們要到南方觀測金星凌日的說法，他認為這只是我們編出來的說詞，用來隱藏我們從事的其他任務。」班克斯偷偷上岸一天，發現自己深受這個國家吸引，「這裡充滿種類多樣的動植物，絕大多數是博物學家從未描述過的」。他把葡萄牙人的守口如瓶歸因於他們想隱瞞黃金與鑽石富礦的地點，儘管如此，他還是想找出這些礦脈。他記錄這些礦脈「位於內陸，實際上沒有人知道要走多遠……因為只要被發現沒有充分的理由走在路上，就會立刻被絞死。」
＊作者威廉．弗萊姆（William Frame）是大英圖書館現代檔案與手稿組組長。蘿拉．沃克（Laura Walker）是大英圖書館現代檔案與手稿組1850-1950年部門負責人。本文選自作者著作《庫克船長與太平洋：第一位測繪太平洋的航海家，1768-1780》（左岸文化）
