然而謝瓦納澤的總統生涯比部長生涯更具挑戰性。加姆薩胡爾季阿卷土重來，1993年在西部發動內戰，謝瓦納澤請求俄羅斯出兵助戰。但是反對派勢力依舊頑強，1992年、1995年、1998年，彷彿詛咒一般，謝瓦納澤每隔3年就被暗殺一次。
喬治亞（維基百科）
雖然每一次都化險為夷，但是內戰、動亂加上暗殺，顯然改變了他的信念。他卸任後受訪時竟說：「太過於民主不是好事，而是錯誤。」另一方面，他早年以肅貪打響名號，成為國家領導人之後卻放任家人招權納賄，累積鉅額財富。
2000年4月，謝瓦納澤連任成功，然而卻引發更大的災難。選舉過程弊端叢生，經濟惡化，民生凋敝，貪腐猖獗，謝瓦納澤的集權色彩卻越來越濃厚，他顯然已經完全忘卻或忽略蘇聯解體的歷史經驗，儘管他曾經是第一線的參與者。
2003年11月，喬治亞國會選舉登場，公平性再度遭到各方強烈質疑，首都提弗利司（Tbilisi）與各大城市都爆發大規模示威抗議，世稱「玫瑰革命。22日，新國會開議第一天，謝瓦納澤發表演講，示威者闖入議事廳，他在警衛保護下倉皇逃逸。謝瓦納澤雖然宣布全國進入緊急狀態，但是軍方拒絕支持，他只能黯然下台。
晚年的謝瓦納澤住在提弗利司郊區，深居簡出，寫作回憶錄，偶爾對時政發表意見。他的一生起伏跌宕，從地方政治人物變成舉世矚目的外交家，從共產主義的信徒變成叛徒，從集權政體的要員變成顛覆者又變成支持者。他的信念與行動改變了世界史，卻在自己的祖國釀成災難。
晚年的謝瓦納澤（美聯社）
儘管如此，《華盛頓郵報》仍然認為：「世人對於謝瓦納澤最重要的記憶，應該是他在改革開放與新思維的年代，在那些變化快速又振奮人心的年代，與戈巴契夫並肩作戰。他們是一對令人難以置信的革命分子，但是他們的成就改變了一切，讓無數人的生活變得更美好。」
