受南部大地震影響，台灣高鐵已取消今天上午部分列車，經檢查後發現有系統受損嚴重，原本預估下午5時前台中以以南無法正常營運，最新則宣布今天都無法恢復營運。至於明(7)日是否正常營運，高鐵將於今日晚間21時對外宣布。高鐵呼籲到台中以南的旅客改搭其它交通工具。
不過到下午4時，高鐵已搶通到嘉義，高鐵表示已經搶修台中嘉義路段，為疏解台中站南下人潮，下午4時起，每小時加開2班次往返台中站-嘉義站（沿途停靠彰化站、雲林站）的全車自由座（商務車廂除外）列車。
高鐵表示，由於台南以北30公里(歸仁路段)電車線系統受損嚴重，估計修復需要相當時間，原本還希望下午17時能修改，但因災情嚴重，台南歸仁路段電車線系統線形與結構受損，多處絕緣礙子破裂、懸臂斷裂，高鐵確定今天台中以南將無法正常營運。高鐵公司刻正派員積極全力搶修中，如有最新營運訊息，將持續更新高鐵企業網站。
原本台灣高鐵說，上午8時前完成土木結構巡檢，各地回報安全無虞，之後進行列車巡軌，原本是說最快上午11時可恢復發車。
台灣高鐵上午先取消今天11時以前左營站所有北上列車，及4班次台北-台中區間車，不過台中北上列車則維持正常發車。高鐵呼籲旅客，今日上午欲前往台中以南地區的旅客，暫時不要出發，或轉乘其他運具；可以考慮搭乘南下班次到台中後改搭台鐵繼續往南，或是等高鐵公司宣布恢復營運以後再前往高鐵車站。至於位在台中以南各站旅客，則最好暫時不要前往高鐵站，以免久候。
至於北上旅客，高鐵建議先搭乘台鐵北上列車至台中的新烏日站，再轉搭高鐵北上列車。
台鐵表示，受南部地區強震影響，旅客持用6日未搭乘列次的車票，若因不及乘車或不及轉乘，1年內比照颱風准予全額退票，信用卡購票者可退現金。
至於台鐵在地震後成立緊急應變小組，檢查各項設施後發現影響不大，因此仍能維持全線正常行車。
