「STAP細胞」學術造假事件的主角小保方晴子，其早稻田大學的工學博士學位2日遭到母校正式取消。早稻田大學去年認定小保方晴子的博士論文存在問題，要求其在1年內進行修改。但最終校方認定修改後的論文並未達到博士論文水準，並於2日傍晚宣佈取消小保方晴子的博士學位。但小保方晴子透過律師發表聲明，對於早稻田的決定「感到失望」。
早稻田大學指出，該校去年11月就給小保方晴子選擇了指導教師，但卻無法與小保方晴子接觸，直到今年6月才開始進行指導。雖然小保方晴子修改了論文中不適當的引文並接受了相關指導，但其中關於實驗所用技術等論述並不充分，科學依據和邏輯存在不完善之處，校方最終決定取消她的博士學位。
小保方晴子當天通過律師三木秀夫發表聲明，表示其論文中被指出的所有問題都已經修正，她也按要求重新提交了論文，對於早稻田大學的上述決定「感到失望」。小保方晴子指出，新的指導教授其實一開始就明言「這次論文合格的可能性非常低」，質疑論文指導與審査過程的正當性與公平性均有很大問題，批評根本不是以學術理由予以駁回，而是跟隨輿論的操作結果。
小保方氏が反論「社会風潮を重視」の博士号取り消し https://t.co/qthspssLQY 「今回の決定には失望」／小保方氏反論コメント https://t.co/KBSiPCkzUP #小保方晴子 #ＳＴＡＰ細胞
— 日刊スポーツ (@nikkansports) 2015 11月 2日
小保方晴子曾要求延長修改論文的期限，但早稻田大學以「內容不恰當的論文」無法長期擱置為由予以拒絕。小保方晴子在2011年修完早稻田大學先進理工學研究科的博士課程，獲得該校工學博士學位。
曾任日本理化學研究所研究員的小保方晴子及其研究團隊，去年1月在英國《自然》雜誌上發表論文說，他們成功培育出了能分化為多種細胞的新型「萬能細胞」——「STAP細胞」。但很快有許多研究人員揭露該論文存在多處疑點。日本理化學研究所當年4月1日宣佈，該篇論文存在「捏造」和「篡改」。小保方晴子的「學術女神」形象崩塌，其博士論文問題也被擺到公眾目光下被檢視。
有研究人員在網路上揭露，小保方晴子向早稻田大學提交的博士論文有諸多可疑之處，例如佔其論文1/5篇幅的20多頁內容幾乎與美國國立衛生研究院網站上的一篇科普文章完全相同。
日本理化學研究所的調查小組於今年9月在英國《自然》雜誌上撰文宣佈，他們通過對小保方晴子留存的實驗材料進行調查，確定所謂新型「萬能細胞」實際全都來自該研究所保存的胚胎幹細胞。
