失去了中共支持的「左翼獨派」，不只沒辦法推動「城市游擊戰」，就連向過去那般以郵包炸彈發動恐怖攻擊的能力都沒有了，而且還遭到包括美國在內的西方國家孤立。擺在他們面前的兩條路，除了加入「左翼統派」推動「第三次國共合作」，就是與「右翼獨派」合流。
而「右翼獨派」本身則在美國政府的鼓勵，還有蔣經國總統的刻意疏導之下融入了中華民國體系之內。他們與主張傅正、費希平等致力於在中華民國體制下建立多黨制的自由派人士合作，於1986年9月28日在台北圓山大飯店成立了民主進步黨。
從此之後，在美國、大陸與台灣的「大三角」關係之下，又出現了中國共產黨、中國國民黨與民主進步黨之間的「小三角」關係。長年來以推翻中華民國政府為目標，本來並不真的主張台灣與中國一刀兩斷的「右翼台獨」，也在擁有了屬於自己的政黨以後，對中共的態度由友善轉變為敵對。
身為「右翼獨派」代表的諾貝爾獎得獎者李遠哲，在1987年與鄧小平會面時，就把這種「被出賣」的感覺訴說了出來：「這讓很多台灣人奇怪，因為從階級矛盾來看，『國民黨是你們趕走後才到台灣來，為什麼你們卻跟國民黨說，可以保持制度和軍隊，把受壓迫的台灣人民忘記了嗎』？」
可見民進黨人與中共走向對立的原因，在李遠哲看來並不是因為「右翼獨派」堅持台灣必須要脫離中國，走上「法理台獨」之路，而是共產黨自己為了爭取與「台灣當局」的和談，遺忘了「台灣人民」。他指出：「從台灣的歷史角度來看，其實統一和獨立，是壓迫與被壓迫的關係存在，不是不愛國家的人要獨立。」
站在無論左右兩翼的「獨派」角度思考，台灣人與共產黨本身並沒有深仇大恨，他們所痛恨與厭惡的對象其實是中國國民黨。曾經有一度，「獨派」曾經把推翻國民黨的理想寄託在中國共產黨身上，而且也不排除在實現這個理想後，代表「台灣人民」與「大陸人民」協商兩岸的終歸一統。
所以站在李遠哲的角度，是中國共產黨先讓「台灣人民」失望，「獨派」才會選擇與中國共產黨分道揚鑣。終止戒嚴戡亂與解嚴，讓大量兩蔣時代流亡海外的「獨派」人士得以返台加入民進黨。本來期望走中道理性路線的民進黨，便越來越往極端台獨的道路上走去。
外省籍創黨元老費希平與傅正，不是因為受不了「獨派」狹隘的省籍情結退黨，就是因為年老體衰去世。失去了這些「中道理性」力量的牽制，民進黨終於在1991年頒布《台獨黨綱》，將自身定位為「獨派政黨」。此舉踰越了中共的政治底線，不得不就此將民進黨視為敵對的分離主義勢力看待。
