台北市環保局在104年3月依《環境影響評估法》對遠雄大巨蛋工程開罰150萬元，另依照《環境教育法施行細則》規定，遠雄代表權人應出席接受環境講習。台北市環保局表示，該案仍在行政訴訟中，但若北市府勝訴、處分確定後，身為遠雄公司代表、董事長的趙藤雄，依法必須親自上8小時的環境講習課。
台北市環保局副局長蔡玲儀表示，因遠雄未依環評承諾清運棄土及維護松菸古蹟，造成松菸煙囪古蹟傾斜，環保局依《環境影響評估法》第17條，在3月開出兩張罰單，分別為40萬及150萬罰單，共計190萬元。同時因遠雄在1年內連續違反同一項法令，且裁罰金額超過法定罰鍰上限的7成，依據《環境教育法施行細則》第14條，公司代表權人趙藤雄須接受環境講習8小時課程，不得指派他人。法務局指出，目前遠雄各案件的自述狀代表仍是遠雄集團董事長趙藤雄，市府沒接到換代表人的消息。
遠雄企業團副總經理蔡宗易批評，北市環保局依環評法開罰的對象是施工單位的遠雄營造和大林組，並非遠雄巨蛋公司，而遠雄營造的負責人是董事長孫寧生，並非趙藤雄，應該先釐清處罰對象究竟是誰。蔡宗易指出，目前全案正在行政訴訟中，一切要待訴訟定案後，這些罰款或是接受環境講習等才會確定。
蔡玲儀說明，由於遠雄不服裁處，提出訴願，7月中訴願被駁回後，又向台北高等行政法院提起行政訴訟，但若遠雄敗訴，還可向最高行政法院上訴，需等法院判決北市府勝訴定讞後，才能要求趙藤雄上課。
遠雄集團和柯市府因大巨蛋案撕破臉後，近期對台北市長柯文哲提出公然侮辱告訴，根據台北市法務局統計，北市府目前和遠雄大巨蛋相關的訴訟案件另有7件。
