從共產黨的角度而言，最要命的是中共總書記陳獨秀做出了巨大妥協，將中共黨員從國民革命軍第1軍中撤出。在國民革命軍六個軍當中有五個軍是由湘軍、滇軍以及粵軍改編的情況下，由黃埔軍校生組成的第1軍徹頭徹尾地成為了蔣中正的嫡系部隊。有了完全屬於自己的子弟兵，蔣中正的下一個目標就是以「軍權」擊敗「黨權」。
清黨與寧漢分裂
解決完「中山艦事件」的「誤會」後，國民革命軍在蔣中正領導下開始北伐。北伐軍一路攻城掠地，擊敗一個又一個軍閥部隊，而蔣中正與國民黨高層的衝突卻越演越烈。以汪精衛為代表的左派成立了武漢國民政府，蔣中正則將國民革命軍總司令部移往第1軍控制下的江西省南昌，形成黨中央和黃埔系分庭抗禮的局勢。
體會到蔣中正即將失控，鮑羅廷下令被共產黨全面滲透的武漢國民政府採去行動，並透過武漢行營主任鄧演達之口批評蔣中正在搞「軍事獨裁」，是所謂的「新軍閥」。接著在1927年3月17日的中國國民黨第二屆中央執行委員會第三次全體會議上，蔣中正被剝奪了國民黨中央常務委員會主席、軍事委員會主席和軍人部部長等職務，以確立「黨權」高於「軍權」的目標。
隨後國民革命軍第2軍、第6軍以及第40軍的中共黨代表，又在攻下南京之後煽動士兵進攻英美法義日四國的租界，導致長江上的英美軍艦砲轟南京。為此蔣中正做出了全面向英美靠攏的決定，於1927年4月攻下上海以後實施清黨，將國民革命軍內的共產黨員全面清除。他在南京另立了一個國民政府，與武漢的國民政府展開對峙。
掌握武漢軍權的鄧演達，試圖討伐南京的蔣中正，但汪精衛卻在這個時候選擇了猶豫。鄧演達服膺於「黨指揮槍」的原則，沒有違抗汪精衛從武漢北伐的指示，但他卻也對兩個國民黨都感到失望，選擇退出了武漢國民政府。隨後汪精衛也得知鮑羅廷試圖扶持中共掌握武漢國民政府的計謀，於是他在1927年7月實施「和平分共」，要求共產黨員和平離開武漢。
武漢與南京的兩個國民政府有了重歸一統的機會，當然由於因為蔣中正實際掌握軍權的關係，國民黨正式結束了大陸時期「黨指揮槍」的時代。軍隊的政工不再負責指揮部隊作戰，而只擔負宣傳以及教育的工作。汪精衛雖然輩分比蔣中正高，卻因為不掌握「軍權」的關係，從此地位不再超越蔣中正，同時他也被迫與好學徒毛澤東分道揚鑣。
清黨的後續影響
蔣中正發動清黨，給國民黨帶來的最大改變就是外交路線由原本的親蘇轉向親美，而且這條路線延續到了今天的台灣，同時為藍綠兩黨所傳承。清黨不只清除了軍隊與黨內的親共左派份子，同時也清除掉了基層黨部裡的右派份子，因為他們對蔣中正不夠信服。被毛澤東發展出來的農民黨員，也主動宣告退出中國國民黨，使黨員數量下降到清黨前的30%。
