馬祖之連江縣政府改稱馬祖特區政府，掌管特區之行政事務，縣長改稱特區首長，由特區居民直接選舉；縣議會改稱馬祖特區議會，為馬祖特區之民選立法機關，除監督馬祖特區政府外，掌管立法及政府歲入及歲出之預、決算。
第六條 金、馬各特區政府應自訂特區政府組織法及所屬機關組織規程，經各該特區議會通過後施行之。
各特區內之鄉（鎮、市）公所應訂組織法及所屬機關組織規程，經各該鄉（鎮、市）民代表會通過，報特區政府備查後施行之。
第七條 金、馬各特區之議會未立法修正其公職人員選舉及罷免之相關法律前，仍然適用「公職人員選舉罷免法」之相關規定。
第八條 本條例施行後，金、馬各特區民選之原地方各級首長及民意代表之任期未滿者，仍可繼續任滿其原有之任期。
第九條 金、馬地區分別改制為和平特區前之原有法律、警察組織、及司法制度，除特區議會另有立法修正外，仍然有效。
第十條 金、馬各特區為積極推動貿易自由化及國際化，便捷人員、貨物、金融及技術之流通，提升特區競爭力並促進經濟發展，各經其議會通過，得成為自由經貿區，且特區內流通之貨幣並不限於使用新台幣。
第十一條 金、馬特區成為自由經貿區後，除金、馬特區自行生產之貨品或服務外，輸至台灣之外國商品或是服務應依關稅法、貿易法、及相關法規管理，並依規定課徵關稅及進口相關稅費。
本法所稱之台灣，係指金、馬地區以外之台灣本島及澎湖、等附屬島嶼。所謂外國貨品或服務包括中國大陸所生產之貨品或服務。
第十二條 台灣之產品或服務輸往金、馬之自由經貿區，適用貨品及服務輸出管理之相關法規及出口稅費之規定。
第十三條 金、馬特區議會得制訂特區入出境及移民法，管理入出特區及移民之相關事務。
必要時，金、馬特區得經立法後，發行特區護照或旅行證件。
第十四條 金、馬各特區合法之居民得向其特區政府請領特區之居民證。
第十五條 除本條例施行前，已具資格請領國民身分證者、或已取得中華民國居留證者之配偶外，金、馬各特區成立後新移入之居民，不得請領國民身分證或護照。
但本條例施行後，持有國民身分證者於金、馬特區所生之親生子女，得申請國民身分證或護照，經審核合格後頒與。
第十六條 金、馬各特區居民於本條例實施前，已領有國民身分證或中華民國居留証者，本人及眷屬有權繼續參加台灣施行之勞工保險、農民保險、漁民保險、公教人員保險、全民健康保險、國民年金保險、等社會保險，並成為被保險人，盡其法定之義務。
前項所述人員之雇主或所屬團體或所屬機構為投保單位，應遵守相關社會保險之規定，違反者依法裁處或執行。
