3月9日， 柯遠芬就帶監察院閩台監察使楊亮功到圓山陸軍倉庫前面的廣場視察現場。柯遠芬表示，現場的遺體大多是屬於遭國民革命軍擊斃的暴動反抗者。不過楊亮功卻對隨從人員說，死者均是十八、十九歲的中學生，且附近亦無戰鬥跡象。〔28］台灣民間認為，實際上這是「假戰鬥，真殺人的事件」，製造再戒嚴的口實。楊亮功也曾批評，柯遠芬在事件中「違法殺人作惡」。柯遠芬在綏靖清鄉會議上曾說：「寧可枉殺九十九個，只要殺死一個真的就可以」，並引用列寧的話說「對敵人寬大，就是對自己殘酷」；而且柯的日記〈事變十日記〉充份流露出他的狡詐及嗜殺的心態。〔29〕
忠義服務隊是由保密局台灣站站長林頂立，得到陳儀許可而設立的。其副總隊長廖德雄作證說：「當他獲悉國軍可能上岸的消息後，3月7日即通令解散青年學生所組成的忠義服務隊。在3月8日時，仍有延平派出所及民生路的派出所約一百多名學生尚未撤離，直到該晚10時，一百多名住在士林、北投的學生才集合準備回家。我從一名住在士林的當事者（姓蔡）口中得知，他們走到圓山車站、圓山動物園附近時，卻遭到陳儀的軍隊（非由大陸來台之軍隊）開槍掃射，當場打死了五十多名學生，其中有的是重傷而死，有幾個學生為射躲避軍隊掃射跳入基隆河而死。」〔30〕
台灣發生二二八時，許多台灣各地的熱血青年都紛紛自動參與維護家鄉治安的工作。當時在台北唸書的青年學生數百位，包括建國中學、成功中學、泰北中學、第三高女（今台北市立中山女子高級中學）、靜修女中、開南商工、台北商業學校、台北工業學校、延平學院等校學生。在他們熱心參與「台北市忠義服務隊」工作時，卻遭受陳儀設計陷害，而被集體屠殺，並陳屍於圓山陸軍倉庫前的廣場。在中山堂處理委員會辦事的數十名青年學生也被捕槍斃。在鐵路管理委員會裡面辦事的三十餘人也被陳儀的手下從三層樓上擲下，頭破骨折、血肉狼籍。沒有跌死的也被捕上刺刀刺死，無一倖免。
援軍到達，陳儀展開報復性大屠殺
3月8日自福州開出的海平輪由基隆進港，帶來憲兵第四團的兩個營及閩台監察使楊亮功，奉警備總司令陳儀的命令，在當天晚上11時開始登陸鎮壓。〔31〕軍艦還沒靠港，就用機關槍掃射岸上的台灣人，從此展開四晝夜的無情大屠殺，台灣人無緣無故而死傷者不計其數，街頭巷尾盡是鮮紅的血，糢糊的肉。
3月9日下午6時更多的第二十一師軍隊乘太康輪氣勢洶湧地登陸基隆；3月12日上午7時海湘輪從福建載憲兵第二十團之一個營到達基隆；同日下午1時台安輪從上海載第二十一師一四六旅旅部及直屬部隊也抵達基隆。〔32〕海軍總部也加派軍艦，於3月13日抵達基隆的有中海、中程等艦；左營方面，3月13日美頌、美樂兩艦，自廣州開抵，以及3月19日駛抵的太平艦。這些軍艦也來增援台灣的鎮壓工作。〔33〕
