1900年8月23日，台灣民政長官後藤新平航渡廈門，第二天凌晨，位在廈門曲曲折折的巷子裡的東本願寺布教所，就在半夜發生縱火事件。
東本願寺的住持僧侶名為高松誓。他向日本大使館寫的報告說，半夜一點左右。中國暴徒衝進東本願寺布教所縱火，這個出租來的小屋整個被焚毀，他自己背阿彌陀佛本尊，避難到鼓浪嶼。
這是一個非常敏感的時機。這一年5月，北京發生義和團事變，八國聯軍隨後攻占天津、北京。北方正在戰亂，清朝政府根本無暇顧及南方。如果日本的寺院發生「暴徒縱火事件」，就意味著日本可以用八國聯軍一樣的模式，出兵攻打廈門，甚至占領廈門。
最讓人生疑的是，前一天台灣民政長官後藤新平才剛抵達，半夜裡就出了事。而所謂的「清國暴徒縱火」，在美國駐廈門領事的眼中卻非如此。據當時美國駐廈門領事的報告，在事件當天，僧侶們早已把貴重物品，全部運出去，當夜住宿本願寺的，只有寺的住持和尚一人，他在凌晨一點，跑到日本領事館，報告中國人暴徒放火燒寺，但除了住持和尚的說詞之外，沒有人看到暴徒，只看到中國人士兵與民眾，幫忙滅火。
根據學者許介鱗的研究，這個僧侶高松誓也很可疑。高松誓是在玄洋社的地盤福岡出身，年輕時，擁護西鄉隆盛的「征韓論」，參加西南戰役，西鄉兵敗後，轉為東本願寺僧侶。台灣割讓日本後，東本願寺在台北和彰化開設別院，高松被選派為彰化別院主宰，致力於日式佛教在台「皇化」的普及，並獲得兒玉總督的重視。高松又號稱要將日本佛教，推展到華南，以華南布教總監之名，親臨廈門，設立東本願寺華南布教總監部，主宰東本願寺廈門別院。
他是以寺廟為掩護，暗地裡作特務的勾當，時常來往於台灣與廈門之間。所謂「縱火事件」是後藤新平命令高松誓放的火，而且偽稱是清國人暴徒所為。這不是單一事件，而是大陰謀的開始。
1895年，台灣成為殖民地後，日本的野心更大了，覬覦的目標盯向福建。廈門是染指的第一塊肉。
為了避免福建被其他列強先吞下去，日本向滿清政府施壓，以「保持台灣安全」為由，於1898年4月訂立了「福建省不割讓條約」，也就是福建不能給其他國家，變成侵略台灣的基地。這種要求別國不得割讓土地的條約，也等於宣告只有日本對中國華南有入侵權。這個不平等條約引起英、美、俄、法等列強的注意，他們認知到這是日本侵略的前奏。
果不其然，1900年1月，日本進一步新設立「對岸事務掛」，統轄和福建、廣東的有關政務。2月，滿清政府在日本的壓力下，將從淡水逃抵廈門的台灣「抗日三猛」之一的簡大獅逮捕，以「日本國之匪徒」為由，接受日本的引渡，將簡大獅遞解出境，3月11日簡大獅被絞死於台北監獄刑場。清廷出賣了台灣，甚至出賣台灣的反抗者，讓抗日義民的退路也被封死了。
1900年5月，日本認為中國北方因義和團事變與八國聯軍的攻打而告急，無暇顧及廈門，就由內閣總理大臣山縣有朋、陸軍大臣桂太郎、台灣第四任總督兒玉源太郎，及民政長官後藤新平等四人，設計攻打廈門的計畫。 （相關報導： 前進南韓、探索慰安婦》非自願的現代化、被迫的慰安婦 南韓學者籲日本「謙卑反省歷史，別讓悲劇重演」 ｜ 更多文章 ）
這個計畫，正是仿效義和團模式：先聲稱「暴徒縱火事件」，然後藉機出兵。發動的時間正是後藤新平抵達廈門現場指揮之後。
