獨立後的新加坡在李光耀和其團隊的領導下，透過周詳的規劃，積極推動經濟改革與發展，成功吸引大量外資的投資，在短短的三十年裏取得了輝煌的經濟成就。
他在任期內推動了開發裕廊工業園區、創立公積金制度、進行教育以及公共住房改革等多項政策，並將人工的裕廊島打造為區域煉油中心，這些都成功使新加坡發展成為亞洲最富裕繁榮的國家之一。今天的新加坡政府以高效率、廉潔而聞名，人民生活水平較其他亞洲國家高出許多。
組屋政策解決住房問題
目前，新加坡人多數都住在稱為政府組屋的公共住屋內。在新加坡脫離馬來西亞取得獨立之後，解決人口居住環境的問題成為了李光耀領導班子的一項重要任務。李光耀曾在自己的回憶錄裏對「居者有其屋」提出了獨到的見解，認為一國政府確保人民擁有房產，讓人民對國家有歸屬感，是維持政治穩定的一個重要手段。
一九六零年，新加坡成為自治邦，建屋發展局（Housing Development Board, HDB）就取代了英國殖民政府設立的改良信託局，開始負責新加坡的組屋發展項目。取得獨立後，建屋局加快組屋的建設，有效紓解當時的居住問題。新加坡的組屋政策也成了不少國家與地區，包括香港所學習的對象。
不過當時政府在一九六六年制定的《土地徵收法案》，把私人擁有的土地收歸國有，然後集中發展的做法也引起一些爭議，認為政府的做法過於強硬，欠缺人情味。
一直以來深受英國影響的李光耀在英國念書時，接觸到來自世界各地的華人後深有感觸。他在回憶錄裏提到那些擁有華文之文化根底的華人，給他留下了好印象，「而那些來自西印度洋地區的華人則完全被本土化，不會說華語，行為舉止不像華人，從那時起，我就下決心要學好華文，決意一定要保留華族文化」。
新加坡在一九六五年獨立時，李光耀發現許多家長把孩子從華校轉送到英校，認為那是「非常危險的情況」。因為擔心華族學生全部念英校，只學習單一語言會失去自己的根，因此決心要推行雙語政策。但同時他更了解到英語為世界通用語言的地位，因此確立了母語為輔的強制性雙語教育政策。
然而，這項政策對英語的偏重遠遠超過對母語的重視，因此新加坡華族學生的中文水平每況愈下。
李光耀在一九八零年將當時東南亞唯一的華文高等院校南洋大學與新加坡大學合併的做法至今仍具有爭議性。不少畢業生指責李光耀因為當年遇到的政治阻力都來自華校生，因此懷恨在心也有意「消滅中文」。
李光耀後來在為關閉南大的決定辯護時指出，這是以學生的前途為考量，因為南大畢業生英文水平不佳，企業不敢聘用，為避免人才的浪費必須關閉學校。
