民進黨於公投一役順利過關，如同先前宣傳的4張不同意票，4題都是不同意票高於同意票，一改過往與人審慎保守印象的民進黨秘書長林錫耀，在立委陳柏惟罷免案通過後繃緊神經，扮演府院黨協調樞紐，賣力拚戰，18日公投成果不僅穩住蔡蘇體制，也穩住林錫耀坐鎮的民進黨中央權威，讓林錫耀有更大政治能量，面對下階段難度更高的2022大選提名布局。
總統蔡英文2020連任，新系背景的林錫耀再助蔡英文擊退同屬新系的副總統賴清德挑戰後，被委任競辦總幹事操盤，是英營和當時英核心頗排斥的卓羅體制民進黨中央重要聯繫窗口。2020年5月20日，當然也是勝選有功的民進黨前主席卓榮泰、民進黨前秘書長羅文嘉，被英核心排擠，無職務安排離開政治第1線，重掌民進黨權的蔡英文，在總統府前秘書長蘇嘉全堅持拒絕下，委請林錫耀代表蔡英文任民進黨秘書長，助蔡英文坐鎮民進黨。
林錫耀雖然在民進黨內初選與總統大選都和英系緊密合作，因為民進黨職選舉，立委陳明文無法進入中評會中間的波折，英系多人質疑林錫耀回到新系立場，林在民進黨務的領導統御備受質疑。
