教育部昨(27日)重申，不會核准基北區104年免試入學超額比序方案。對此，台北市教育局今(28日)發新聞稿指出，希望免試入學超額比序方案不要再調整；而國教行動聯盟、十二年國教家長聯盟等家長團體，也於28日下午在教育部前抗議，要求教育部長吳思華傾聽家長和考生意見。
吳思華27日下午與台北市長柯文哲會面，討論十二年國教方案。會談中，柯文哲表示，與新北市長朱立倫討論後，基於政策延續性，決定沿用原本的量尺方案，但吳思華態度強硬表示，若台北市堅持採用量尺方案，教育部將不予備查方案，也不核准招生簡章，兩人因此發生爭執，最後不歡而散。
教育部並隨後發布聲明指出，基北區違反「比無可比」時才使用量尺的規定，不符12年國教引導學生適性發展、不增加學生壓力的精神，並痛批基北區讓前段學生考試壓力加大，形成考試取代教學、升學主義至上的情況。教育部並直言，基北區若一意孤行，需自行承擔後果。
對此，台北市教育局回應，經台師大心測中心分析，104年基北區共有8萬名考生，屆時免試分發一定會用到量尺，才會避免抽籤或同分增額等風險。台北市教育局並表示，即使按教育部建議先比標示、後比量尺，也會有排序錯置情形，及學生答題表現與比序優劣的公平性疑慮。
台北市教育局長湯志民並指出，過去兩周已努力讓教育部和基北區家長有多次非正式和正式的對話，基北區家長與許多議員皆希望維持原公告方案，距離明年入學期程僅剩不到半年，簡章明年初就要印製，不希望再做任何調整，讓學生能安心準備。
另外，今天下午，包含國教行動聯盟、十二年國教家長聯盟等家長團體也至教育部抗議。國教行動聯盟理事長王立昇說，吳思華搞不清楚自己的身分，也不知道自己在做什麼。他指出，教育部宣稱北市版免試比序將造成7考生名次大挪移，但經教育局模擬，並不會出現增額錄取太多的風險。王立昇要求教育部不要睜眼說瞎話，並強調如果教育部不願傾聽家長聲音，戰場就會轉往教育部。
對於基北區十二年國教爭議，台師大心測中心副主任曾芬蘭表示，今年由於各招生區不辦特招，全採免試入學，北北基學生的成績單若僅有三等級四標示，在缺少量尺的情況下，恐難推算百分序位。曾芬蘭認為，北市和教育部需進一步溝通。
