新冠肺炎（武漢肺炎）本土疫情在5月中旬大爆發後，雙北淪為全台最嚴重重災區，雖疫情慢慢減緩，但目前果菜批發市場等地再爆出群聚感染，也讓整個北北基因為疫調問題出現不同聲音，例如基隆市長林右昌就與台北市長柯文哲隔空互槓。不過由於先前疫調都是由染疫者的居住所在地政府疫調，而疫調完成後上傳卻沒有辦法直接介接到工作地，北農所在地的北市官員私下表示頗為無奈。據了解，各縣市的疫調單其實沒有統一形式，例如新北市就改過好幾次版，先前有的版本過於簡單，也讓疫調結果並不一定具有太高的使用價值。
對於先前林右昌針對北農案隔空開嗆柯文哲，北市府發言人陳智菡表示，疫調工作以北市工作、居住基隆為例，假設在台北上班地被測出確診，要在PCR確診後，先報到中央的法定傳染病系統，基隆才會知道有人確診，再去做疫調，但如果沒疫調到該確診者在台北哪邊工作，北市府就接不到任何訊息，因為中央只會通知居住地的縣市政府，除非居住地政府很積極告訴工作地政府，工作地的地方政府才會知道有這樣的狀況。（延伸閱讀：警察市長、醫生市長抗疫比一比！新北疫調如辦案 北市加驗PCR揪確診）
陳智菡說，北市上次赴CDC就北農問題開會的時候，就有跟中央講，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中也認為這是個問題，要解決，才決定加了一個轉介的功能，之前沒有，這功能在月初新增了。
北市疫調同仁：我們1份大概5、6頁，新北大概都2頁
而此次北農相關案例中，基隆市的確診者比較少，新北市居住、北農上班確診的人反而較多，對於是否有拿到新北的疫調資料？陳智菡表示後來有向新北市請求有拿到。不過負責疫情的衛生局官員私下透露，拿來的疫調單，有些根本沒用。
負責北市疫調的衛生局同仁私下透露，新北市的疫調程度，跟台北市還是有點差異，新北做得還是比較簡單一些，例如足跡，有些就寫「上班／上課」，通勤方式沒寫，每天都一樣沒有其他足跡，甚至還有直接寫「其他」，沒有細的資料，「我們的疫調資料1份大概5、6頁，收到一些新北的疫調大概都2頁而已」。
新北市警察局：疫情開始確診者多，的確沒辦法做仔細
對於北市衛生局同仁的說法，記者求證新北市警察局，新北市警察局坦言，以前疫情一開始，因為確診者很多，的確當時做疫調沒辦法做到比較仔細，例如現在要調通聯位置、監視器等等來還原足跡，先前確實只能用打電話方式詢問，因為數量太大，有些人的確不會說去哪裏、做了什麼，如果說在家也只能這樣寫，除非有願意講更多的，或在談話當中能得到什麼可以問的，才能得到更多消息，不過現在已經有所改善，因為現在案件數有下降，其實做得很精細，針對確診者在確診前2周前的足跡軌跡、去過哪邊，這都會透過電話、監視器、行車軌跡這些，幫助還原之前去過哪，幫助這些確診者回想接觸過哪些人。
新北市警察局也說，其實新北市疫調的表單，中間版本有改變滿多的，衛生局會去改要去問的內容，有制式化表格，要照上面的來問、填寫。
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