中央流行疫情指揮中心對於地方政府或私人企業可否自行購買Covid-19疫苗一事，即使面對疫情吃緊且疫苗嚴重不足的困境，仍一直採取嚴格管控的態度。雖然5月28日公布了地方政府與企業的疫苗專案輸入流程，但5月29日又採取限縮的手段，強調疫苗政策應秉持「由中央政府與原廠簽約採購」與「由中央政府統籌分配執行」兩大基本原則，無疑是又給了正在申請疫苗輸入的宗教團體、企業增加了限制。如果過去我國沒有買到疫苗乃是涉及政治因素，則繼續堅持疫苗採購須由中央政府與原廠簽約採購這個原則，無異是緣木求魚。指揮中心新聞稿指出堅持此兩大原則乃涉及疫苗安全、法律責任與接種部署三個層面，但其中法律責任的論述，欠缺了合理性。
首先，指揮中心認為基於傳染病防治法第 5條，傳染病防治政策及計畫，包括「預防接種」，屬於中央主管機關權責，但這無法立刻得出「疫苗應由中央政府與原廠簽約採購」的結論。傳染病防治法第5條實乃在劃分中央主管機關與地方主管機關的權責，將「訂定傳染病防治政策及計畫」(包括預防接種)一事，劃歸中央；並將後續的執行計劃的擬定與執行，劃歸地方。所以引用傳染病防治法第5條而要求疫苗應由中央政府與原廠簽約採購，只能說中央的政策就是如此，地方政府與企業應該閃邊站，欠缺了實質的說理。
其次，指揮中心又引用藥事法第 48-2 條，指出「製造或輸入緊急的疫苗藥物，其專案核准權限也屬中央主管機關」。但原本所有的製造或輸入藥品，都要向中央主管機關申請藥品許可證，而且不管是不是輸入緊急的疫苗，都是由申請人申請，而中央主管機關擁有核准權。換言之，藥事法是強調要先行申請核准，而不是授與中央主關機關要將採購疫苗或藥品的締約權掌握在中央手裡。否則，所有的藥品進口豈非都應由中央締約？
中央所建構的這兩個原則，應該理解成是基於警察權的行使，為了公共衛生與人民的健康所做出的限制，只要這是合理的，基本上仍可接受。想像上，中央可能提出的合理論述如下：
1. 如果這是由私人企業購買，可能導致稀少的疫苗價格高漲，讓私人企業獲得暴利，而且收入不高的人將無法購買，形成社會不正義。但這個論點，應該透過「由中央政府統籌分配執行」這個原則就可以避免弊病，而非一律堅持政府介入簽約購買一事。當然，由地方政府來購買疫苗，不會有這樣的問題。更何況，宗教團體甚至是以捐贈疫苗的方式進行，想像上更難以有這樣的社會不正義情事發生
2. 如果是私人企業購買(譬如我國的生技公司)，在疫苗的需求是固定的情況下，企業將不會想要自己製造疫苗，只會想要購買、輸入疫苗。當然，如果疫苗都完全掌握在大企業手中，疫苗的價格仍有可能出現物以稀為貴的現象，而且初期可能只有企業的員工能施打疫苗(誰不想先給自己的員工打？)，前線的醫護人員將欠缺疫苗。不過，既然我們的國產疫苗都已經快要可以上前線參戰的情況下，此處的顧慮應該會變成允許企業輸入疫苗後，國產疫苗可能乏人問津。換句話說，這是要不要保護國產疫苗未來存在可能性以及生產國產疫苗者未來還有沒有意願繼續開發新疫苗的問題。果如此，這是中央要去思考現階段應該同意輸入多少疫苗以及後續要如何執行疫苗施打的問題，以避免出現國產疫苗被滅絕的危機。然而，與前一個問題點相似，這樣的考量可以支持中央政府強調統籌分配執行的說法，但沒有辦法支持疫苗應由中央政府與原廠簽約採購的論點。
