第三種是：張汶祥不但參加過太平軍，後又曾與海盜相通，因為馬新貽力剿海盜，因此張汶祥的許多同夥均遭被馬新貽逮捕殺害。而張汶祥的妻子羅氏曾被別人誘姦。為此張汶祥還曾經在馬新貽巡遊至寧波時攔轎控訴，但當時馬並未受理。因此張汶祥懷恨在心，他既要為友出頭，又要替自己洩憤，因此便有刺馬一案（這份口供現在還保存在臺北的故宮博物院內）；
第四種則是汙指馬新貽私通新疆之回匪，由於馬新貽的確是元末明初，從新疆以軍功撥在山東衛所，落籍在山東曹州府荷澤縣居住的伊斯蘭後裔，當時新疆正逢回亂──即「同治回亂」（註八），而馬新貽之父為山東菏澤縣伊斯蘭教徒的頭領，曾與新疆回民有過來往，所以張汶祥為國除害，因此決意刺殺馬新貽。
已過世的名作家──高陽（1922～1992，本名許晏駢）在其著作：《慈禧大傳》與《清末四公子》當中都有詳述整個刺馬案的來龍去脈。高陽在書中除了直言：「馬新貽之被刺，意味著湘軍之奪回兩江」外，他更直接指出幕後的主使者就是當時擔任長江水師提督的黃翼升（1818～1894；其孫女黃逸梵為大作家張愛玲的母親）。由於黃翼升的妻子奉曾夫人（曾國籓的妻子）為義母，曾黃兩家算是通家之好，據說曾國藩曾納過一個小妾，就是黃翼升經手辦的「喜事」（註九），曾黃兩家關係親密至此，從這個角度來看，高陽因此大膽推論曾國藩的確是「刺馬案」幕後的推手：是經過他的批准，黃翼升才敢下手、換句話說，整起「刺馬案」──曾國藩即便不是主謀，也絕對是在他知情與默許之下才發生的。而更特別的是「刺馬案」剛發生不久就被寫成了戲文並改編成了京劇到處流傳，這些宣傳對於真相的殺傷力，實不言可喻，但也因此看的出整起刺馬案是的確經過非常縝密的安排與布置。
這使得當時負責主審此案的欽差大臣就被迫換了兩任，由張之萬（1811～1897，張之洞的大哥）到刑部尚書鄭敦謹（1803～1885）。最後鄭敦謹在審完案後的隔年（1871／清同治十年）就以病乞休，這樣的動作，說明當中藏有極大隱情，或許是他感嘆官場黑暗，甚至是感覺生命受到威脅，所以他只得──辭官保命。其實，早在馬新貽遇刺的8月25日，慈禧就不敢再硬碰硬，為了不激起湘軍兵變，動搖清王朝的統治基礎，不得不重新下令，調曾國藩回到江寧坐鎮。而慈禧則是一直等到曾國藩過世之後，才派出湘軍內部頗有正義感的彭玉麟（1816～1890，湖南衡陽人）來──以湘制湘，藉口以整頓長江水師的名義，嚴參黃翼升，也暫時將「刺馬案」做了個了結，但仍舊不敢公佈真相，當然也拿不到那些遺失的金銀財寶！
