如果說，國民黨的權力運行系統因黨主席存在，而從內閣制設計轉而呈現近似於總統制的單軌運行方式，那麼這就只是制度選擇的問題，並無不妥。然而實際上，國民黨的權力運行卻並非取消原有中常會－內閣制的設計，而是在此基礎之上，加上黨主席－總統制的權力運行系統，最終導致國民黨的權力運行系統，其實既非雙軌亦非單軌，而是一種混軌制。而這套混軌制並無法結合內閣制和總統制之優點，反而會集兩者之缺點。
首先，本文雖然以總統制來比喻國民黨的黨主席權力系統，然而就權力分立制衡的角度，也就是總統的行政權需有國會的立法權監督來看，中常會並無法像國會般扮演監督黨主席的角色，因為就黨章設計來看，中常會並非是監督者，而更近於內閣制的決策及執行者，僅是由於黨主席的存在，和黨主席在制度上的優勢，因此使得中常會在實質上喪失其決策與執行功能。
也就是說，由於中常會在制度設計上接近於內閣制，因此並無監督功能，而其決策、執行功能又由黨主席取代，因此最後中常會就成為目前所看到，既無監督、也無決策，行禮如儀、定位不彰的組織。
而由於金字塔頂端的中常會失去功能，這當然也大幅降低中層的中央委員和下層的黨代表，特別是前者的制度價值；另一方面，由於中常會無法發揮國會的監督功能，這也使得黨主席就成為沒有國會監督的總統，更甚者，這位總統(黨主席)還兼任國會(中常會)的議長(主席)、能任命國會議員(指定中常委)，造成國民黨主席具有極大的制度優勢，使國民黨呈現黨主席獨任制的運作。
四、問題從何而來：歷史遺緒
從前所述，不難理解國民黨現行權力運行系統的矛盾之處。那更進一步的問題就是，為什麼這個歷經百年發展的老黨，會出現這樣明顯的制度矛盾？事實上，任何制度的產生和設計都有其時空背景，不會是憑空而來。
從歷史來看，在遷台之後，國民黨在相當長的一段時間內都沒有黨主席一職，而係由蔣介石擔任黨的總裁。直到蔣介石過世後，才在1975年第十屆中央委員會臨時全體會議中，設立主持黨務的中央委員會主席，由蔣經國擔任。並在1976年的十一全中，設立兼任全代會、中央委員會、中常會主席的黨主席一職，以「推選」的方式，選出蔣經國作為黨主席。而直至經國先生去世後，李登輝於1988年十三全中繼任黨主席，黨內此時已出現選舉主席的呼聲。因此到了1993年的十四全，全代會就修改黨章，明定黨主席由黨代表投票產生。之後，由於國民黨在2000年失去政權，因此十五全就因應變化，修改黨章，確立現今黨主席由全體黨員直選的制度。
