鄭經主政的第三年，他的老師、總管內政與後勤的陳永華建議設立孔廟與科舉制度以推行文教。鄭經一開始質疑說現在地盤還很小、人民還很少，是否應該集中精力在屯墾和軍務上就好？陳永華便論述了培養人材的重要，並特別強調，當前的民風，可以說是淳樸，也可說是草莽，如果放任不加引導，民眾便容易流於粗野，所以應當速立聖廟與學校，舉行祭祀與教育，才能使社會確立共同的價值與信仰，鞏固國本。鄭經欣然採納，令陳永華迅速著手主持，於是，「全臺首學」，也就是現在的台南孔廟，在不到一年間建了起來，舉行了意義重大的典禮；各地也設立了負責基礎教育的「社學」，並吸引原住民入學與漢人同化。如此，通過引入典章制度和文化教育，台灣有了正式的政權，奠定了漢人為主體的社會基礎。
此期東寧國的實際控制範圍，還只及於今天的台南和周邊區域，此外也有北征雞籠將荷蘭人的餘部趕走，但還沒有開發，原住民仍散布在島上各處。那為什麼說此後台灣社會便是以漢人為主體了呢？這裡我們首先要考量漢人自身的條件：有高度的生產技術、擅長開枝散葉的宗族組織、重視文字與歷史的傳統，從短期到長期都有競爭優勢；再來，要看世人怎麼看：明鄭集團是當時國際貿易與中國戰略地圖上的要角，也是源遠流長的華夏文明的嫡系，自然比較會在各方的記載中得到重視，而被視為「蕃人」的原住民則不足以成為能擾動世局的一方勢力；最後，是以結果而論：因為後來攻取台灣的清廷亦以儒教和漢人官吏治國，並不否定鄭氏在文教上的貢獻，又繼續讓漢人移民來台，繁衍至今，後人追溯源頭，也就會傾向以「全臺首學」的成立為標誌，聲稱遷台的漢人繼承了古聖先賢齊家治國的理想與追求，然後可以維繫族群的榮譽與自尊心。只要人們不拋棄、不否定這套傳承，故事便能如此傳遞下去。
第三節 民間信仰
漢人渡海來台，也帶來了其自古相傳的信仰與神祇。移民每在一個新地方安頓下來，便要考慮立廟；不論是簡陋的香案、祠堂或富麗堂皇的宮廟，拜的是天神、地祇、人鬼或者物靈，只要能聚人心，市鎮或村落就會與之一同發展，日久乃成「五步一祠，十步一宮」的盛景。然而，這漢人的傳統信仰，究竟是怎麼一回事呢？
在遠古的陜西、山西一帶黃河河谷地區，今天被認為是華夏始祖的群落，因地理而發展出了村落式定居農業，其人口密度、族群間往來的頻率高於其他遠古文明，於是發展出了重視家族和祖先崇拜的傳統，然後以其較高的生產力漸次擴張，以先進的器物文明同化了周邊眾多族群。雖然也有其他文明常見的自然崇拜、泛靈信仰，但到周朝開國的時候，有鑑於商朝迷信鬼神犯過許多錯誤，於是特別強調人在此世間的努力才是最重要的，而以人本的價值觀制定了禮法來規範信仰，其核心可以用「敬天法祖，崇德報功」兩句話來概括。到了漢朝，闡揚這套價值觀的儒家成為朝廷主流，民間則逐漸興起了混合儒家、道家、陰陽家的道教，按照人間朝廷的體制來建構了天庭與地府，並且將史傳中的聖賢、英雄、忠孝節義之人，以及各地的神話、巫術與原始信仰，一概收編到這套系統之內，來鼓勵世人行善積德，好在去世後位列仙班，得享長樂並繼續庇佑世人。魏晉南北朝時，佛教又帶來了輪迴轉世的概念與各種發願迴向的修行法門，為百姓增加了一種寄託。此後不論朝代如何更迭，中國的民間信仰都基本維持著這個混同的形態，隨漢人的遷移而流傳。
