王金平黨籍案起因於特偵組監聽發現，王金平與民進黨立委柯建銘有關說司法個案之疑。然而馬英九總統在案發後火速展開攻勢，砲火直指王金平黨籍，欲拔除王金平立院龍頭寶座而後快，讓外界相信全案導火線正是陷入國會泥淖的服貿協議，而背後的深層原因，更指向「後馬時期」兩岸關係主導權之爭。
據了解，早在兩岸簽署ECFA之後，王金平曾主張在兩岸談判中納入國會監督環節，並在民進黨提議制訂「兩岸協議監督條例」時予以支持，當時便讓一人掌握兩岸唯一決策權的馬英九大為不滿，那時就埋下馬英九意欲削弱王金平勢力的遠因。
後來服貿協議在立法院受阻，國民黨團在朝野協商中節節敗退，不但讓馬英九顏面無光，也讓北京對馬英九失去信心，決定另闢蹊徑，「做好對台灣立法院的工作」；在涉台系統建議下，一方面加強與王金平關係，同時尋求「投資民進黨」的多種管道，其中之一便是民進黨立院總召柯建銘。
服貿卡關 北京跳過馬直接疏通王金平
馬王政爭爆發不久，北京方面即有傳言，指真正激怒馬英九的監聽內容並非關說司法個案，而是北京有意透過王金平「疏通柯建銘」，一方面為使服貿協議儘速通過，同時也希望未來建立對話管道。
上述自國安部門流出的說法雖未獲直接證實，但北京一再傳言，這些對話證明在馬英九最後三年任期，北京早已著手在台灣建立其他「合作窗口」，而這些內容雖不能像關說司法部分一樣公諸於世，但對一直享有北京支持的馬英九，這比司法關說更難忍受，也更必須解決。
馬王政爭發展至今，兩個陣營表面平靜，卻也僅止於「相敬如冰」的狀態。近幾個月來，北京來客「必見王金平」，甚至在連戰等大老引薦下大談服貿協議，顯示除了維持事務性、常態性的溝通往來外，馬英九在這場兩岸主導權的戰爭中暫居劣勢。
