李登輝繼任蔣經國總統與國民黨主席之位，但做為一個沒有軍方背景的本省人，他對長期統掌軍權、親信遍布三軍的郝柏村自是忌憚三分。李、郝兩人經過八年權鬥，從「肝膽相照」最後「肝膽俱裂」，李登輝也成功掌握軍權。
李登輝擔任總統時，與行政院長郝柏村八年驚天權鬥，源於對軍權的掌握和猜疑。李登輝一開始即存翦除郝柏村軍權，並藉此瓦解國民黨非主流之心，因此將郝快速升任國防部長、行政院長；晚期李更以「虎口下總統」自況，甚至在拉法葉案調查過程提及「兵變說」。
美國也怕台灣軍人干政
蔣經國晚年，郝柏村長期統掌軍權，「郝家軍」遍布三軍，勢力龐大，對於後蔣時期政局方向具極大影響力，連美方都高度關注台灣是否會出現軍事統治。
美國在台協會（ＡＩＴ）曾於一九八五年八月探詢郝柏村有關蔣經國接班人問題，當時郝稱：「所謂接班問題，乃反政府及台獨分子惡意誇張所致……軍事統治在中華民國不可能發生。」
郝柏村於八七年十月以參謀總長身分第三度訪美。當時美國國務院亞太副助卿芮孝儉（J. Stapleton Roy）與其會談九十分鐘，直率探詢郝柏村有關總統接班人、軍人干政等問題；郝則回應，蔣經國是依制度決定接班人，表達國軍支持民主制度的立場。
兩個多月後，蔣經國逝世的一月十三日，郝柏村代表三軍發表談話，明確宣誓效忠李登輝，並於十四天後的國民黨中常會，支持李登輝代理黨主席，也向李登輝「交心」，只是仍難扭轉一開始便注定彼此鬥爭。
郝柏村對建軍備戰、中科院自主研發、對美軍購貢獻卓著，只是久任參謀總長，權力如日中天。李登輝初期掌權不穩，面對這位軍事強人自是十分忌憚。李登輝於《新．台灣的主張》、《餘生：我的生命之旅與台灣民主之路》等書中均提及，就任總統隔年，即藉升任郝柏村為國防部長，實則為拔除參謀總長軍權。
蔣宋美齡為此還一度召喚李登輝，認為能夠號令軍隊的只有郝柏村，希望不要換掉，李最終未答應。
長談兩小時換得郝表態
在調任前，李登輝曾對郝柏村開出國安會秘書長，以及可任太上參謀總長的參軍長兩個位置，郝都未接受；後來是應前國防部長鄭為元期盼，在八九年十二月任滿參謀總長八年後，接下國防部長一職。
李登輝先是任用空軍上將陳燊齡接下參謀總長，一年後起用反郝立場鮮明的海軍上將劉和謙接任，之後進行人事洗牌。
國民黨內當時有不少人勸進郝柏村於隔年競選副總統，均被他婉謝。郝柏村稱：「至此為止，李登輝總統似仍遵循經國先生的政策路線，我全力支持他，合作良好。」就在表面合作良好氛圍下，李、郝之間開闢全新戰場，烽火延燒。
