中科院在高雄市的大樹院區於3月6日晚間發生爆炸，導致一死三傷意外事件。源起於中科院受命加速飛彈量產，二十四小時三班趕工，地方傳出，調派支援人手未經完成教育訓練與合格簽證即上工，中科院非但沒有對管理失職進行懲處，離譜的是在沒有改善下即已復工；中科院回應稱，事件前後火工作業人員均完成訓練和合格簽證，已在上周通過申誡到記過不等的懲處。
中科院飛彈負責火藥製程的火工人員大多極為資深，具備約20、30年的資歷，技術十分純熟。
只是總統蔡英文曾於2019年1月25日前往系統製造中心，視導天弓三型（弓三）、雄風三型（雄三）飛彈生產線時，下達提加速量產的指示。
大樹院區的生產線排程被打擾，在原本火工人力嚴重不足，又來不及補實下，遂調派其他部門與火工專長不符的員工前往支援。
地方近期傳出大樹院區離譜情事。原來由其他部門派去支援攪拌火藥的員工，上線前僅簽署一張施工注意事項（SOP），多數在沒有教育訓練與完成合格簽證下，便由老火工人員帶領操作高風險的火藥作業。
據了解，飛彈推進劑的火工作業，概略分為拌藥、鑄藥、熟成等三個製程；至於意外發生原因，初判是將火藥置於盛藥鍋後，在清理過程中，產生不明火花而起火燃燒。
事故發生後，高雄市勞工局進行勞安檢查並停工，勞安檢查報告即將出爐，但大樹院區近期已稍稍復工和加班；地方人士稱，支援人力似乎依舊沒有先行完成教育訓練和合格簽證，任令員工身處危險環境。
大樹院區成立30多年，共發生3次重大事故，成立沒多久就發生首次爆炸事件，2005年又因處理廢棄物發生爆炸，曾遭鄰里鄰抗議要求遷離。
國軍近期發生二六九旅半年內3起自殺、紀德艦爆出性醜聞等重大軍紀案件，相關主管均遭調職查辦，而大樹院區發生嚴重工安事故，行政處分卻一拖逾2個月。
院區單位主管上校課長潘勝明對內部講話時，自稱屏東縣長潘孟安是其表叔，令地方人士不解，行政處分拖延且輕輕帶過，不知是否與後台很硬有關，更擔憂火工作業問題如未改善，可能再度發生嚴重的工安意外。
中科院對此稱，目前已駐廠督工，員工上線前亦已完成教育訓練與合檢簽證，如真有外傳僅簽名SOP就上線，那事態就嚴重了；將再進行了解，如有不法情形，會在完成調查後祭出嚴懲。
