除了延緩就醫，日本雖然宣稱每天可篩檢上萬件檢體，但實際上的篩檢數量一直在千人左右，堅持僅對少數症狀嚴重、或有高度感染風險者進行檢測，同樣是不願大量輕症患者拖垮醫療體系。日本國立傳染病研究所所長脇田隆字對「減少篩檢數量是為了降低確診人數」的說法公開反駁，主張篩檢是為了「積極的流行病學調查」。不過在疫情惡化之下，厚生勞動省4月15日已經同意實施「得來速」篩檢法，東京都醫師會17日也宣布將成立至少10處篩檢中心，以對應快速蔓延的疫情，日本壓低篩檢數的做法，已經到了不得不改弦更張的時刻。
此外，在安倍晉三發布「緊急事態宣言」的前一天，東京都醫師會4月6日便發表了「醫療危機狀況宣言」，警告隨著疫情快速惡化，東京都的病床數、醫療用品、甚至醫療人力，都面臨資源不足的窘境，為防止醫療崩壞的最惡事態，呼籲民眾自我克制不要外出，同時把加護病房、人工呼吸器等資源盡量留給重症患者。
確診數與醫療資源都冠於全國的東京都，4月初也決定將輕症患者移出醫院，另租旅館安置隔離，由政府負擔住宿費用。因為東京都醫治新冠肺炎的負壓病床僅將近千張（全國僅1800床），但東京都的確診病患卻已突破千人。共同社18日也指出，包括東京、大阪、沖繩、福岡等8個都府縣，空床已經不滿20%，口罩和防護服不足更幾乎是所有日本醫院的現況。隨著確診病例大幅攀升，日本的醫療體系將面臨嚴酷考驗。
（二）避免經濟崩壞
東京醫師會會長尾崎治夫4月5日在臉書上抱怨，政府對疫情的處置過於緩慢，遲遲沒有對全國宣布進入「緊急事態」呼籲應該立即採取措施。雖然日本醫界早期確實認為新冠肺炎並不嚴重，但隨著疫情發展，專家們的意見早就轉向。但安倍政府卻仍好整以暇，遲遲不願宣布更積極的防疫對策，直到4月7日才宣布7個都府縣進入「緊急事態」，拖了10天才將適用範圍擴及全國。
安倍政府拖延決策的最重要原因，就是封城等積極降低社交接觸的作法對經濟將造成極大衝擊。今年上半年日本外交的重頭戲—習近平訪日，下半年的東京奧運，顯然都曾對日本的防疫政策造成影響。中國國家主席習近平原定今年4月間赴日進行國事訪問，這讓日本政府在宣布中國旅客的入境管制時，多少有些投鼠忌器。直到日本政府3月5日宣布習近平訪日延期，對於中國的入境管制才在3月9日全面升級。
更重要的是，今年日本是奧運主辦國，為了盡可能不要影響到四年一度的體育盛會，以及停辦可能帶來上兆日圓的經濟損失，安倍政府在3月底之前始終堅稱「奧運7月將如期登場」，也不願推出更積極的防疫措施。隨著新冠病毒的疫情在全球迅速惡化，就算日本願意舉辦奧運，在全球幾乎都採取斷航、封鎖的做法之下，如果疫情沒有好轉，屆時根本也不會有運動員跟觀眾飛到日本。3月24日，國際奧委會與日本才終於決定延期一年舉行。
