行政院長林全今天表示，法務部長邱太三在憲法法庭的發言，是法務部的代表，並不是行政院代表，不是代表行政院的政策立場。
大法官針對同婚釋憲案舉行憲法法庭進行言詞辯論，邱太三在同婚釋憲辯論庭上說，民法是依數千年形成社會規範，遭酸是「千年部長」，又說出「考妣論」，引發外界爭議與批評聲浪；邱太三會後開玩笑說，這次釋憲對他及國民而言，的確是千載難逢機會。
時代力量立委徐永明、民進黨立委蕭美琴下午在立法院施政總質詢時，也都對此事提出質疑。
蕭美琴、徐永明:難以認同邱太三發言
徐永明在下午總質詢中，節錄邱太三的相關發言，詢問林全意見，包括質疑所謂「數千年來」是甚麼史觀？又或是如大家無法接受的「隔離且平等」說法，是否代表行政院立場？林全表示，要特別說明，法務部是機關代表應邀陳述意見，他的講法並不是行政院立場。林全也說，邱太三本身的論述，他也是剛剛才看到報導，還沒了解詳細的背景，沒有辦法瞭解他具體的意思。徐永明追問林全對「隔離且平等」的看法？林全說，他不太懂這個意思。可能要有些補充才能完全理解。
蕭美琴說，對於邱太三發言，難以認同、無法接受。蕭美琴說，包括荷蘭、加拿大、紐西蘭這些允許同性婚姻的國家，並沒有因此失去家庭倫理，生育率都比台灣還要高，沒有影響到整個家庭倫理與世代的問題。
對於邱太三的論述內容，林全說，從過去歷史看這個問題，並不是爭執的焦點，應該從未來社會進步的立場來正視過去不平等的問題。林全說，社會是進步的，文化也是演變累積的，很多事情不能從傳統來看。
總統府:法務部對同婚立場是開放的
邱太三發言遭質疑為與反同的護家盟立場一致。對此，總統府發言人黃重諺表示，憲法法庭是屬於司法權運作一環，總統府謹守分際，沒有評論。不過，法務部長邱太三今天是以民法主管機關身分出席憲法法庭，他也很清楚說明，對這個議題法務部立場是開放的。
