奧托的命運雖然坎坷，不過比起大清帝國那位末代皇帝溥儀，還是要好得多。二戰後奧托回到歐洲，並且與1951年在法國與原德國公主瑞吉納結婚。之後的數年中，奧托居住與法國與西班牙，不過他當時仍然屬於無國籍人士，幸好在法國臨時總統戴高樂的協助下，取得摩納哥王國護照，又以國際組織馬爾他騎士團員的身分，取得其外交護照，以及西班牙的外交護照。奧托的祖國奧地利，在經歷了十年的盟軍佔領後，終於重獲獨立。1957年，新獨立的奧地利共和國同意恢復奧托的國籍，不過條件是不能用任何皇室的頭銜，而必須用奧托－凡－哈布斯堡博士。儘管如此，他費盡九牛二虎之力才的到的奧地利護照，上面卻註明只有在奧地利以外有效，因此仍然回國無望。奧托於次年對奧地利政府宣示放棄所有皇室與貴族特權，但是哈布斯堡法條的規定中，所有哈布斯堡男性成員，必須放棄一切皇室有關的事務，並且接受普通公民的身分，並且不得參與奧地利政治活動，因此奧托的這項宣示未達要求。1961年，奧托依照哈布斯堡法條要求宣示，仍然不被政府接受，不過在經歷了數年的行政訴訟後，奧地利法院裁定宣示有效，奧托與其夫人，在1965年終於拿到奧地利的公民證。多年後在奧托在過世前，曾經說他非常厭惡當時這項宣示，因為裡面要求他不能參與奧地利政治活動，但是政治是一種鴉片，一旦染上，就再也無法戒除。儘管奧托的公民權獲得確認，卻暫時無法回國，當時奧地利國內的左派份子進行示威反對他的歸來釀成暴動。直到次年，對他較為友善的政黨在大選中取得執政權，他終於拿到奧地利護照，得以回國訪問。而此時距離他與父母倉皇出逃，已有四十八個年頭了，當年那個七歲小皇儲，已經年過半百了。
1960年代，西班牙獨裁者佛朗哥元帥決定在他死後恢復西班牙王室制度，他曾經詢問奧托是否願意接掌王位。這雖然在外人看來有些奇怪，不過哈布斯堡家族的一支曾經在16世紀初至18世紀初擔任西班牙國王，後來因為絕嗣所以由來自法國的波傍家族繼承王位。不過儘管曾經想要復辟的奧托，卻婉拒了這個機會。他表明他不應該放棄他熱愛的祖國而去西班牙登基。後來佛朗哥讓波傍家族的後人再次繼承王位。
最早提出歐洲整合概念的人士
奧托的後半生比起受到勞改，在釋放後擔任無實權全國政協常委，最後鬱鬱而終的末代皇帝溥儀比起來，明顯的要精彩多了。儘管奧托在戰後的奧地利不受歡迎，不過他在歐洲仍然十分活躍。他是最早提出歐洲整合概念的人士之一，從1973年開始擔任國際組織“國際泛歐聯盟”的主席。從1979年開始，代表他居住的西德的巴伐利亞，擔任歐盟的前身歐洲煤炭鋼鐵共同體旗下的歐洲議會議員，歐洲議會後來成為歐洲共同體以及後續歐盟的立法機構。奧托大部分的時候給人的印象是溫良恭儉，不過他也有挺身而出的時候，有一年天主教教宗若望保祿二世到歐洲議會發表演說，台下有一位反天主教的新教議員舉起了帶有侮辱文字的布條抗議，本身為虔誠天主教徒奧托，上前一把將布條搶下了，並且在其他幾位議員的協助下，將這位鬧場的議員逐出會議廳。奧托在歐洲國家整合成歐盟的過程中，發揮了非常大的作用。當時的計劃中的歐盟，只包括了西歐、中歐和南歐的部分國家，不過在奧托的全力遊說下，計劃擴張到中歐其它國家，包括了他的祖國奧地利，以及當時尚在蘇聯控制下的東歐共產國家。在冷戰末期，東歐共產世界如骨牌一般，一連串的崩潰。其中最著名的事件是柏林市民推倒柏林圍牆。不過許多人可能不知道，奧托在這場變局中，扮演了重要角色。1989年8月19日，奧托與匈牙利的改革派部長易姆勒-波茲蓋，共同組織勒“泛歐野餐”。此一活動並非真的野餐，而是開放奧地利與匈牙利的邊界三小時，讓數百名東歐國家居民（大部分是東德人），進入西方國家。此為東歐鐵幕的共產國家，第一次開放邊界。雖然短短的三小時只有數百人跨越邊界，卻在東歐造成了無法逆轉的改變。同年9月，在強大民意的壓力下，匈牙利邊界全面開放，數萬東歐國家人民經由奧地利-匈牙利邊界逃往西歐，這場活動造成了東歐國家人心浮動，並且隨後在數個國家引發了大眾起義，最後造成了整個歐洲局面的改寫以及帶動了共產體系的崩潰。東、西德也在兩年後統一。
