要等到1955年廖文毅在東京成立台灣共和國臨時議會，台獨思潮才首度為派往海外受訓的台籍海軍人才所知悉。許昭榮就是被派赴美國接收咸陽號驅逐艦時，透過《紐約時報》瞭解到台獨運動的存在。於是利用隨咸陽號驅逐艦返回台灣，途中在夏威夷整補的機會取得《台灣獨立運動第10年－1955》一書，並帶回台灣與袍澤分享。
也是從這個時候開始，部分接受中華民國海軍徵召入伍的台籍官兵，才認知到除了日本與中國之外，台灣還有第三條路可以選擇，那就是建立一個主權獨立的新國家。當然他們的行為，很快就被海軍裡的政戰察覺到，不過中華民國情治機關對台獨的態度顯然沒有對共產黨那麼嚴厲，所以他們第一次抓到許昭榮時只是將《台灣獨立運動第10年－1955》沒收，並要求他寫一份悔過書而已。
原本許昭榮打算放棄在軍中宣傳台獨，低調的在海軍幹到退役為止。可沒想到《台灣獨立運動第10年－1955》流傳過廣，甚至還引起相當數量的本省充員戰士翻譯抄寫的緣故，海軍當局見大事不妙，於1958年4月17日委派政戰官李紀信出面逮捕許昭榮、張幹男、曾國英、陳水清、陳肇基、吳榮山、施松雨、鄭文騰、胡榮秋與王金來等10人。
這是台灣回歸中華民國懷抱以來，第一起真正意義上的海軍台獨政治案件。不過相對於支持或同情中共的左派人士而言，中華民國海軍仍選擇了對主張台獨者從輕發落。被判刑最嚴重的許昭榮與張幹男，也不過是換到入獄10年與八年的下場。1958年4月正是八二三砲戰爆發的前四個月，他們在時局動盪的情況下能大難不死，足見兩蔣父子並沒有把台獨當成認真的威脅看待。
更何況與外省籍受難者相比，台籍海軍將士在台灣都有親人，有些人甚至背後還有龐大的宗族勢力存在，讓中華民國情治機關更是沒有辦法在神不知鬼不覺的情況下對他們實施肉體毀滅。所以無論是主張回歸中共，還是認為台灣應該獨立建國，本省籍受難者生存機率永遠是高於外省人。雖然在接受偵訊時，各式各樣的嚴刑逼供還是必不可少。
據張幹男回憶，他在鳳山招待所裡被審訊時，有不少加入海軍陸戰隊的台籍看守暗中給他們照顧。除了替台籍政治犯傳話外，他們還會在節慶來臨時偷偷塞一些吃的用的給他們。其中來自屏東的葉旭君及雲林的王君，是令許昭榮印象最深刻的兩名台灣人看守。不過在此必須要指出的是，這些台籍看守幫助政治犯的目的未必是支持台獨，或許單純只是痛恨欺負台灣人的外省人而已。
台灣主體意識不等同台獨
從上面的案例來看，很難用「外省人親共，本省人台獨」的二分法來區分海軍白色恐怖時期的兩種政治犯。外省官兵雖不會認同台獨，但卻也未必真心擁護中共，許多人只是派系鬥爭的犧牲品，認同的國家仍是中華民國。本省籍官兵則是認同「紅色祖國」、「白色祖國」與主張獨立建國的聲音都有，其實比外省受難者更為複雜，沒有辦法一概而論。
