中華民國政府是在美國出動海軍幫助下，才順利在1945年10月完成接收台灣的工作。所以國民政府海軍人員對待美國人唯唯諾諾的態度，勢必也讓曾經在太平洋上與美軍大打出手的台籍日本海軍留下惡劣的印象。曾經跟著日本享受過東亞第一海軍強權之姿的本省籍海軍人才，肯定認為若繼續追隨中華民國海軍下去，自己只能落得一個「美帝附庸」的下場。
相反的人民海軍雖然更為落後，但是卻有發展成下一個帝國海軍聯合艦隊的潛力。畢竟毛澤東領導的中華人民共和國，一如當年的日本帝國一樣會追求走「獨立自主」的道路，所以跟著紅色中國走顯然會更有發展的道路。同樣的理由，也能夠解釋為什麼會有大量外省籍的海軍官兵選擇在1949年投靠共產黨，因為大家都沒有辦法從中華民國政府身上看到希望。
不過相較於外省籍海軍官兵，尤其是備受桂永清打壓的「馬尾系」海軍人才而言，台灣本省籍官兵投共的機率還是比較低。這並不是因為本省人比外省人更愛戴蔣家父子，而是受到「人不親土親」的觀念影響。對於許多懷念大陸老家的外省官兵而言，叛變是回家的一條途徑。然而台籍官兵故土就在台灣，前往大陸等同於到一個陌生的地方重新開始，還要與過去的親朋好友與鄉土切斷聯繫。
因此許多台籍海軍官兵即便有意投共，仍決定留在台灣看看，等一切塵埃落定之後，再向中國人民解放軍海軍報到。桂永清等中華民國海軍認知到本省籍官兵投共並不容易後，也就不太以他們為整肅的主要目標。這也是為什麼在海軍白色恐怖時的受害者當中，外省人數量遠高於本省人的原因。很多人未必認同中國共產黨，但光是想念故鄉親人，就可能構成叛國罪。
儘管如此，本省海軍人才還是從外省同袍身上體會到了白色恐怖的威力。郭宗清回憶：「自校長魏濟民以下，學生隊區隊長及好幾個學生遭到逮捕，有時清晨起床，發現隔壁床的同學不在，原來是夜間被抓走了，使人產生恐懼感。不知道什麼時候會再來抓人，下一個被抓又是誰。這都是因為有人告密，有時還挾著私人恩怨。造成那段時間學生人心惶惶，十分浮躁。」
外加中華民國海軍在對待丹陽號等日本賠償軍艦的態度上，顯然沒有過去帝國海軍的長官們那麼專業又有耐心。瞧不起外省將官，看不起中華民國政府的抱怨聲在台籍海軍人才中不絕於耳。心中默默認同起「紅色祖國」，但沒有採取叛變行動者肯定是存在的，只是沒有辦法統計到具體數字。但是在50年代初的時空環境下，台獨並不是他們大多數人反抗國民黨的選項。
中國海軍第一起台獨案
我們不難發現，50年代白色恐怖的外省籍受難者，只有認同「紅色祖國」與「白色祖國」的差別。至於本省籍受害者，則可能只有認同「大日本帝國」與「中華人民共和國」的差別而已。台籍海軍人才或許看不起處處受美國保護、制衡的中華民國政府，但還沒有產生在日本與中國之外的第三種國家認同，即所謂建立台灣共和國的台獨思想。
