出於對國父潘佩珠的推崇，吳廷琰沒有下令解散越南國民黨，但是卻強化了對該黨的監控。可吳廷琰在南越的敵人，又豈止是只有越南國民黨？試圖以強硬手段維持國家統一的他，最終還是因為與美國發生了利益上的矛盾，而於1963年11月2日在一場中央情報局支持的政變中被推翻。吳廷琰與他的弟弟吳廷瑈都在這場政變中，為南越少壯派軍人楊文明下令射殺。
政變結束後，伴隨著越南共和國內部的「改朝換代」，西貢政府解除了對越南國民黨的監控。流亡柬埔寨的阮文舉被允許回國，范富國也被放出監牢，兩人重新回到越南共和國空軍服役，一切仿佛都像沒有發生過。可越南國民黨終究是來自越南北部的反共政黨，在南部人掌權的越南共和國境內仍難以形成一支穩固的力量。
祖籍南部永隆省的潘克丑與陳文香兩人，雖然先後擔任越南共和國總統的職務，但是他們也沒有能力控制住派系林立的南越軍隊。所以相比起吳廷琰在台上的時候，南越局勢反而是更加混亂。一波又一波的軍事政變接踵而來，讓這個國家難以團結一心抵禦共黨威脅。為此館長傷心的表示，越南的一切悲劇就是從吳廷琰被刺殺開始的。
我們讓美國人來打我們的戰爭
要說中華民國與越南共和國最大的差別，就是在於前者曾經領導過整個中華民族抵禦日本侵略，從而在兩岸人民心中有一定程度的道統性。然而在法理上繼承越南國的越南共和國，卻因為保大皇帝親近法國的立場從一開始就被視為「殖民主義代理人」。反觀胡志明雖然同樣依靠蘇聯與中共協助，但是奠邊府戰役的勝利仍讓他在越南人心中享有獨立英雄的地位。
吳廷琰雖同樣是一個反法民族主義者，但是他並沒有率軍在戰場上擊敗法軍的經驗，甚至還出任過殖民政府的官員。所以就如同抗戰爆發前的蔣公，吳廷琰沒有辦法真正統合南越政府、軍方以及社會上的一切派系。擺在他眼前的唯一選擇，就是以獨裁者的手段擺平包括越南國民黨在內的潛在挑戰者。而吳廷琰也靠著這樣的霹靂手段，一度讓南越有了應對共黨威脅的能力。
可是在吳廷琰被推翻後，越南共和國卻再也產生不了第二位如吳廷琰一樣有能力統合南越的領袖，哪怕只是表面上的統一而已。缺乏向心力的越南共和國軍隊難以因應背後有胡志明支持的「南越民族解放陣線」，也就是越共的軍事挑戰。唯一的選擇，就是把越南反共戰爭的責任交到美國、澳洲、紐西蘭與南韓等多國部隊，尤其是美國的手裡。
美軍的大舉介入，讓原本反共與親共越南人之間的內戰，轉變為越南人民反抗「美帝國主義」侵略的民族獨立戰爭，在政治上把南越政府置於一個更不利的地位。越南國民黨始終反對將越南的反共戰爭交給外國人去打，他們認為華府的政策剝奪了越南人民打擊共產黨的權力。前面提到的阮文舉，就表示：「美國人沒有為我們這些真正希望對抗越南共產黨的人打開大門。」
