中研院長遴選過程傳言不斷，部分中研院士亦主張遴選過程不合程序，並據以要求馬英九總統退回名單重議。總統府12日明確回應，指遴選過程「於法尚無不合」。意即未來中研院長，將確定出自中研院已提出的3人遴選名單之中。
中研院於4月中旬召開評議會，投票選出廖俊智、周美吟與郭位等3名院長候選人。然後評議會各項傳聞不斷，有與會者指控前中研院長李遠哲主導變更遴選方式，又有院士連署要求馬英九退回名單，重新評選。
繼馬英九11日接受媒體訪問，表示遴選過程「瑕疵沒有這麼大」之後，總統府發言人陳以信12日表示，中研院已於11日分別致函總統府與立法院，就院長遴選辦法之解釋疑義提出書面說明，總統府也於12日上午正式函復中研院。
這份由總統府秘書長曾永權代表的回函明確表示，中研院此次依評議委員會會議規則等相關規定，遴選新任院長之過程，「於法尚無不合」。總統府表示，府方同時以副本知會遴選名單中之3位候選人。
