當前國軍在執行現代化聯合作戰上仍有許多改進空間，但取消三軍司令部，並將陸、海、空軍打散配置各作戰區管制，是否就一定有助於提升聯合作戰的效能？
自二○○二年三月一日《國防法》與《國防部組織法》正式實施後，國軍作戰指揮鏈即調整為「統帥部（總統、國防部長）│參謀本部│聯合特遣部隊」，以往的陸軍總司令部、空軍總司令部與海軍總司令部等不但退出作戰指揮鏈，也更名為陸軍司令部、空軍司令部與海軍司令部。
取消三軍司令部有助聯合作戰？
自軍種司令部退出作戰指揮鏈後，國內就一直不乏應取消軍種司令部並朝「國防軍」轉型的聲音。持這種主張者認為在軍事上，軍種司令部的存在不僅使國軍組織不夠精簡，更因軍種本位主義的影響，導致聯合作戰的效能難以提升。
至於國防軍的核心內容，依照媒體報導，包括取消三軍司令部，改為地面、海上、空中部隊指揮部，並統一由國防部指揮；戰時則將陸、海、空軍打散，由參謀本部依敵情配置各作戰區管制。
誠然，當前國軍在執行現代化聯合作戰上仍有許多改進空間，但取消三軍司令部，並將陸、海、空軍打散配置各作戰區管制，是否就一定有助於提升聯合作戰的效能？
以遂行聯合作戰最成功的美國為例。在美國國防部下，仍保有陸軍部、海軍部與空軍部；這三個軍種部雖已退出軍令系統的作戰指揮鏈，但在軍政系統的建設管理鏈上仍扮演重要功能，與我國陸、海、空軍司令部的現況相同。
事實上，保留軍種司令部以協助國防部執行軍種的建設與管理，並非只是軍隊人數眾多、防衛範圍廣，或是執行海外遠征作戰的國家才有的現象。以日本自衛隊為例，不僅總兵力規模約二十三萬與我國接近，在主要任務上也與我國的大型島嶼防衛型相近。
日本「統合幕僚長」經驗值得警惕
而日本自衛隊在○五年七月國會表決通過《防衛廳設置法修正案》與《自衛隊法修正案》，將指揮權移交給以新設「統合幕僚長」（類似我國的參謀總長）為首長的「統合幕僚監部」（類似我國的參謀本部）後，仍然保有與我國陸、海、空軍司令部功能類似的陸、海、空自衛隊幕僚監部，負責作戰行動以外的採購、補給和人事等行政事務。
尤其值得注意的是，依照我國《國防法》、《國防部組織法》和《國防部參謀本部組織法》等相關規定，我國參謀總長同時具備「部長軍令幕僚」、「軍隊之腦」與「戰時聯合作戰司令官」等三重身分；而美國參謀首長聯席會議主席與所轄聯合參謀部僅有前兩種身分，不實際負責直接作戰指揮，反而與日本自衛隊的「統合幕僚長」類似。
日本統合幕僚長既要擔任首相和防衛大臣的最高軍事幕僚長，提供有關政治和戰略方面的諮詢建議，還要基於聯合作戰視角領導防衛力量建設，更要進入作戰指揮鏈負責軍令指揮。
而日本在一一年後，開始注意到「統合幕僚長」身兼多重任務，導致負擔過重、難以兼顧，讓聯合作戰指揮未能得到應有關注，遂提出「新設中央司令官」或「增設統合幕僚副長」等建議，以減輕統合幕僚長的負擔，並提升聯合作戰的效能。 （相關報導： 孫慶餘專欄：台灣準備好面對中共武統了嗎？ ｜ 更多文章 ）
海空軍打散配置，將削弱作戰效率
從日本的例證可知，儘管有陸、海、空自衛隊幕僚監部擔負建設管理工作，統合幕僚監部的負擔仍然過重，無法專注於聯合作戰指揮與訓練任務。因此，我國若取消軍種司令部，則相關行政管理職能還是得由業務已十分繁重的國防部與參謀本部承接，勢必導致後兩者的負擔過重，既危及作戰指揮效能，也同時增加平戰轉換時間。俄羅斯在一九九八年一度取消陸軍總司令部，卻隨即又在二○○一年重新恢復設置，就是發現在陸軍總司令部撤銷後，俄羅斯國防部與參謀本部反而被一堆與戰略決策、聯合作戰規劃無關的業務淹沒。
