當前國軍在執行現代化聯合作戰上仍有許多改進空間，但取消三軍司令部，並將陸、海、空軍打散配置各作戰區管制，是否就一定有助於提升聯合作戰的效能？
自二○○二年三月一日《國防法》與《國防部組織法》正式實施後，國軍作戰指揮鏈即調整為「統帥部（總統、國防部長）│參謀本部│聯合特遣部隊」，以往的陸軍總司令部、空軍總司令部與海軍總司令部等不但退出作戰指揮鏈，也更名為陸軍司令部、空軍司令部與海軍司令部。
取消三軍司令部有助聯合作戰？
自軍種司令部退出作戰指揮鏈後，國內就一直不乏應取消軍種司令部並朝「國防軍」轉型的聲音。持這種主張者認為在軍事上，軍種司令部的存在不僅使國軍組織不夠精簡，更因軍種本位主義的影響，導致聯合作戰的效能難以提升。
至於國防軍的核心內容，依照媒體報導，包括取消三軍司令部，改為地面、海上、空中部隊指揮部，並統一由國防部指揮；戰時則將陸、海、空軍打散，由參謀本部依敵情配置各作戰區管制。
誠然，當前國軍在執行現代化聯合作戰上仍有許多改進空間，但取消三軍司令部，並將陸、海、空軍打散配置各作戰區管制，是否就一定有助於提升聯合作戰的效能？
以遂行聯合作戰最成功的美國為例。在美國國防部下，仍保有陸軍部、海軍部與空軍部；這三個軍種部雖已退出軍令系統的作戰指揮鏈，但在軍政系統的建設管理鏈上仍扮演重要功能，與我國陸、海、空軍司令部的現況相同。
事實上，保留軍種司令部以協助國防部執行軍種的建設與管理，並非只是軍隊人數眾多、防衛範圍廣，或是執行海外遠征作戰的國家才有的現象。以日本自衛隊為例，不僅總兵力規模約二十三萬與我國接近，在主要任務上也與我國的大型島嶼防衛型相近。
日本「統合幕僚長」經驗值得警惕
而日本自衛隊在○五年七月國會表決通過《防衛廳設置法修正案》與《自衛隊法修正案》，將指揮權移交給以新設「統合幕僚長」（類似我國的參謀總長）為首長的「統合幕僚監部」（類似我國的參謀本部）後，仍然保有與我國陸、海、空軍司令部功能類似的陸、海、空自衛隊幕僚監部，負責作戰行動以外的採購、補給和人事等行政事務。
尤其值得注意的是，依照我國《國防法》、《國防部組織法》和《國防部參謀本部組織法》等相關規定，我國參謀總長同時具備「部長軍令幕僚」、「軍隊之腦」與「戰時聯合作戰司令官」等三重身分；而美國參謀首長聯席會議主席與所轄聯合參謀部僅有前兩種身分，不實際負責直接作戰指揮，反而與日本自衛隊的「統合幕僚長」類似。
日本統合幕僚長既要擔任首相和防衛大臣的最高軍事幕僚長，提供有關政治和戰略方面的諮詢建議，還要基於聯合作戰視角領導防衛力量建設，更要進入作戰指揮鏈負責軍令指揮。
