併發症2／巴瑞氏食道症：
如果反覆發生食道炎或潰瘍，時間久了就會發生第二部曲即巴瑞氏食道症。此時會比較麻煩，因為巴瑞氏食道症是食道癌的癌前病變。
併發症3／食道癌：
如果已經是巴瑞氏食道症，再不理會，就會產生食道腺癌，即走入第三部曲。
併發症4／聲音沙啞：
逆流上來的胃酸如果嗆到氣管時，第一個會影響在氣管開口的聲帶，就會受到影響，像是聲音啞掉，唱歌唱高音上不去，就是此原因。
併發症5／氣喘：
如果胃酸再往氣管往下跑一點點，只要有一點點胃酸嗆到氣管，就會使氣管發炎，產生氣喘，會感覺呼吸不順，或發出咻咻的聲音。如果胸腔科醫師沒有深究到這一點，而只知道開立支氣管擴張劑藥物，開始使用吸入性的類固醇治療，逆流問題仍然持續存在。所以，假設體重有過重情形，或許有一點逆流的感覺，突然發生氣喘了，就要警覺有可能是胃食道逆流了。提醒，台灣氣喘人口愈來愈多，除了空氣污染有關，但是其實也可能與胃食道逆流息息相關。
併發症6／吸入性肺炎：
胃酸再往下一點到達肺部，一般人喝東西不慎嗆到，會有自然嗆咳反應，東西嗆到氣管時會劇烈咳嗽，其實那是一個保護作用，是想辦法要咳出來，在年輕人反應強烈，但是老年人沒有體力，像是前總統李登輝98歲高齡，生前也是因為喝牛奶嗆到，但是咳不太出來時，食物中會有各種細菌進入肺部，輕則產生氣喘，嚴重就發生吸入性肺炎。
事實上，胃酸都不應該跑到食道、氣管，都不應該有胃酸的存在，一旦長期有胃酸，就可能產生發炎，而引起一些併發症。
胃食道逆流治療有2大目的
藥物很重要有兩個重點方向：一是把胃酸降低，另一則是抑制胃酸分泌。
先來看把胃酸降低的部份：所有胃食道逆流造成的危害都圍繞在酸的這件事，把酸降下來症狀就會減輕，通常會使用到第二種藥物是把腸胃道蠕動調整正常，因為腸胃道蠕動本來即靠自律神經來控制，所以使用自律神經的藥物，腸胃蠕動會趨於正常，即可緩解症狀。
坊間常見用藥迷思，像是「胃酸過多，吃胃乳片可以一直吃下去嗎？」
胃乳片其中含有鋁或鎂這兩種金屬，此兩種成分大致進入胃部之後，可以中合胃酸，包括常見市售的胃散，也是同樣的道理。但是，鋁攝取太多，會讓人擔心影響記憶問題；至於鎂攝取太多，也會令人擔心影響心臟功能等副作用。
再來看抑制胃酸分泌的藥物，也並非都完全沒有問題。最早有阻斷組織胺作用的藥物出現，主要作用在抑制晚間胃酸的分泌，但是對飯後胃酸逆流及胃酸分泌效果並不佳。後來質子幫浦阻斷劑簡稱PPI被研發出來，吃下去之後，胃酸大概在24小時內胃酸的PH值可以拉到3~4之間，原本胃酸PH值是1.5~2之間，這樣等於PH值拉高到100倍，等於比較趨近於弱酸了，於是患者反應服用這種藥物之後，即使感覺有逆流的東西往上跑，卻感覺像是白開水，不會不舒服。
