我國1991年3月訂定之「國家統一綱領」，第一階段近程交流互惠為「間接通航」，原則只准「貨直通，船不直通」。直至1995年5月在「九二共識」協商下，才依「兩岸關係條例」第三十條規定，發布「境外航運中心作業辦法」只准「外國集貨船」，以「不通關，不入境」方式，從高雄港直航大陸，承運大陸「轉口貨」，原則為「船直通，貨不直通」。後因境外航運中心實施未如預期理想，1997年10月及1998年8月才分別解除「集貨船」，可以延伸至第三地區，及開放母船航行境外航運中心，並可載運台灣至第三地區之進出口貨物；惟以上解除，違反中國大陸「兩岸間船運管理辦法」國內航行權（cabotage）政策，所以並末能付之實施。直到2001年1月，依據「離島建設條例」可以排除「兩岸關係條例」限制，規劃只允許兩岸國輪以「不懸旗」，並依「國內航線」方式辦理之小三通，因小三通已附和「一中境內航行權」之架構，所以兩岸直航才得以初次真正實現。
2008年12月國民黨再次取得政權後，又擬比照小三通直航規劃，修正「兩岸關係條例」第二十八條，「將中華民國船舶、航空器及其他運輸工具，非經主管機關許可，不得航行至大陸地區」，改為「得航行至大陸地區」；及修正第二十九條「大陸船舶、民用航空器及其他運輸工具，非經主管機關許可，不得進入台灣地區限制或禁止水域」改為「原則許可」，並發布「臺灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法」。然而中國大陸卻回應小三通不懸旗，只是幫助離島人民的權宜措施，而使該辦法迄今未能實施。
綜上所述可知，高雄港不能發展國際物流產業之原因有二：其一、兩岸不能海運直航；其二、目前「自由貿易港區」不能真正提供，「境內關外」的作業環境。
有關兩岸海運直航，中國大陸管理兩岸間船運，始於1995年1月30日江澤民江八點，提示兩岸三通，應在「一個中國」之架構下進行，隨之1996年8月19日就公佈了「台灣海峽兩岸間船運管理辦法」，落實「江八點」，將兩岸通航定調為「國內航線」，也就是兩岸海運直航，要在這個定調才能執行。
首先大家要了解一個事實，「一個中國」是兩岸歷史共業，依據兩岸憲法，現在都自稱中國，領土都及於對方;依據兩岸法律，兩岸尚處敵對狀態，都要統一對方。所以，若是台灣法律本身不更改，而去要求中國大陸承認臺灣就是唯一中國，那麼臺灣就要用武力消滅中國大陸，這是台灣不可能做到的。所以要消弭此爭議，一定要有某種，兩岸各自不違反各自法律，而為對方接受的説法，否則直接通航就無法實現。
