杜魯門悄悄賦予哈里曼另一項報告任務：看他是否認為麥克阿瑟在精神上與體能上足以扛起指揮重任。哈里曼的書面報告中並未提及麥克阿瑟的健康狀況，或許是因為他要說的話太敏感，不適合付諸文字。他一定說了什麼令總統惶恐的話，因為杜魯門隨即派了他信任的一位醫生，法蘭克‧洛少將（Major General Frank Lowe）「針對麥克阿瑟的身體狀況以及對職務上重大壓力事件的承受能力提出報告。」這位醫生無法診斷出誇大妄想症，宣稱麥克阿瑟「身體健壯且精力充沛」。
麥克阿瑟噤聲不到兩個星期，便在台灣問題上槓上政府。八月二十五日，美國駐聯合國大使華倫‧奧斯汀（Warren Austin）宣布美國不會以台灣作為攻擊中國的基地。同一天，艾奇遜接到一通電話，得知各通訊社已經提前發佈一則消息，那是麥克阿瑟預計要對海外作戰退伍軍人協會（Veterans of Foreign Wars）發表的談話，內容讚揚台灣的戰略重要性，認為它是一艘「永不沉沒的航空母艦」。在預先準備好的演說稿中，麥克阿瑟大聲斥責：「最荒謬的莫過於鼓吹太平洋地區採行姑息政策與失敗主義的那些人，他們提出的主張老套迂腐，說如果我們保衛台灣，就會造成亞洲大陸異化。」
這等於直接甩了艾奇遜一巴掌，他立刻要求哈里曼將電報拿給杜魯門看。杜魯門甚至更為震怒；艾奇遜回想，當隔天早上杜魯門與他的高級顧問們開會時，嘴唇已經乾癟發白。總統告訴國防部長路易斯‧強森，他要麥克阿瑟收回他的聲明。強森同意，但很快就退縮了。散會後他致電艾奇遜，告訴他參謀長聯席會議擔心麥克阿瑟會很尷尬。難道，麥克阿瑟不能說他只是在發表個人意見嗎？艾奇遜說不行，問題十分清楚，強森應該遵從總統的命令。強森說，他不是很確定總統是否下令。艾奇遜沒有耐性聽模稜兩可的說詞。「路易斯，」他生氣地說，「不要跟我爭辯總統的命令是不是有道理。我聽到他下令，你就接受。無論是否能成功，你最好都照辦。」
強森很快試圖拉攏哈里曼當他的盟友，在這項爭議上對抗艾奇遜，不過這時候他應該搞清楚狀況才對。事實上，對總統忠心耿耿的哈里曼主張，麥克阿瑟應該遭到嚴厲譴責，即使導致他辭職也在所不惜。
杜魯門最後親自打電話給強森，直接口授針對麥克阿瑟的命令。不可思議的是，強森依然東拉西扯。杜魯門只好下令強森擔任他的總司令，執行他的指示。
杜魯門在自己的回憶錄中指出，他考慮在這時候開除麥克阿瑟，可是最後因為擔心共和黨反彈而改變主意。後來他很後悔自己錯過了那次機會。不過這件事至少給了他開除路易斯‧強森的藉口，他想解雇他已經想了好幾個月。國防部長反艾奇遜的陰謀變得太過公開；八月二十五日，記者馬奎斯‧柴爾茲（Marquis Childs）報導，強森提供對艾奇遜不利的資料給共和黨。九月十二日，杜魯門逼迫一邊啜泣的強森簽下辭呈。
