普悠瑪翻車事故肇事禍首指向車上ATP設備關閉後，未能自動通報台鐵行控中心，從台鐵2001年執行的「鐵路行車保安設備改善計畫」斥資38.5億元建置ATP系統迄今，過程中不僅發生多起死亡車禍，2010年監察院調查ATP採購，台鐵當時答覆「ATP系統故障僅影響列車準點率，但對行車安全並無影響」，相關回覆在普悠瑪事故後更顯得諷刺。
前瞻8年投入4241億進行軌道建設，ATP僅佔7億
台鐵問題叢生，政府理應透過前瞻基礎建設強化行車安全，然而，前瞻第二期特別預算，ATP升級所編列7億元預算，卻僅針對地面設備部分進行改善，目的是為了因應台鐵捷運化後的區間車升速，最為迫切的普悠瑪等高速列車的車上ATP設備，竟然沒有編列相關預算，對照「前瞻基礎建設」預計8年投入4241億元軌道建設，更顯得配置失當。
普悠瑪事故發生迄今，台鐵對於事故發生原因說法反覆，先是謊稱不知駕駛關閉ATP，針對安裝ATP遠端監控系統的說法，也從最早「普悠瑪沒有裝」，再到「系統不相容不能裝」，到最後變成有裝監控系統，但沒有接上線頭，製造普悠瑪號的日本車輛製造公司11月1日首次坦承，普悠瑪號列車設計有疏失，坦言普悠瑪車上ATP被關閉後，並沒有自動通知台鐵行控中心的功能，嚴重暴露台鐵列車與ATP遠端監控系統採購疏失。
監委調查報告：台鐵未落實ATP系統地上設備之安裝監造
事實上，台鐵從2001年起執行的「鐵路行車保安設備改善計畫」，過程中多次遭到監察院調查。2003年台鐵造橋事故，監察院以台鐵計畫管控不良、執行率落後，對台鐵提出糾正案；2010年，前監委葉耀鵬再度針對台鐵「新設列車自動防護系統」（ATP）出具調查報告。
根據葉耀鵬的調查報告，台鐵「列車自動防護系統」（稱ATP系統）標案，2001年由龐巴迪得標後，台鐵方面未落實ATP系統地上設備之安裝監造作業，纜線損毀及感應器位置偏差，導致承包商動態測試不斷重測，台鐵當時因為人力不足等因素，由台鐵電務處將安裝工程分為9個區段同時委外施作，安裝前由龐巴迪對安裝廠商及台鐵局技術人員施以安裝訓練，安裝後，於龐巴迪技術指導下，由台鐵技術人員進行靜態測試，再會同龐巴迪進行車輛動態測試。
根據監察院調查報告，台鐵在測試過程，除了發生傳輸線或接地線遭鼠咬破等事件外，2006年6月測試時，還曾因午間時段台灣太陽輻射強度過高，導致地上設備過熱而無法正常傳送資訊，使得列車接收資訊不足而煞停，一直到2008年3月重測始測試合格。報告指出，台鐵ATP系統採購合約歷經24次修約，其中有因鐵路線形變動或合約限速過嚴而須修改軟體，台鐵方面主張不能歸責於龐巴迪，因此同意合約展延，並且負擔合約展延期間部分費用。
台鐵ATP設備「無法再開機使用」，已有前例
監察院調查報告發現，由於龐巴迪ATP系統之車上設備故障頻仍，導致可靠度驗證測試強度未達合約承諾標準，依據採購合約規定，車上ATP設備平均故障間隔時間（MTBF）之最小可接受值為每套17,000小時，但因車上ATP設備故障頻繁，2008年3月重測時，MTBF僅為3,607小時。
由於台鐵與龐巴迪針對車上ATP設備故障定義及操作時間未達共識，龐巴迪為此還向公共工程委員會申請調解，請求協同台鐵局委請獨立第三人共同完成可靠度驗證測試。龐巴迪在調解期間，主張每輛每日操作時數應放寬為8.3小時，惟車上設備每日故障次數仍達1至2件，仍難以符合契約之規定。
根據台鐵ATP規範書，ATP系統之地上設備故障時，車上操作面盤將顯現「地上設備故障訊息」，司機員按下「確認」鈕後，得以時速50公里之車速行駛，直至下一只地上感應器取得新資訊後，即可恢復原有正常速限行駛，不過監察院調查報告指出，台鐵少數故障現象，車上ATP設備「無法再開機使用」。車上ATP設備關機重開後無法再使用的問題，似乎也在本次普悠瑪事故中發生。
每天都有ATP故障！台鐵故障次數，ATP問題佔逾半
台鐵內部透露，台鐵與龐巴迪的ATP系統採購，「地面ATP」的建置部分已經在2005年完成初步勘驗，不過「車上ATP」部分，因為龐巴迪向工程會提出調處，一直到今年才完成車上ATP設備的驗收。根據立委蔣萬安日前質詢，2016年台鐵故障次數每個月平均有204次，其中ATP列車自動防護系統故障異常就有131次，佔了55.65%，台鐵每天都有ATP故障，「車上ATP」設備儼然成為台鐵行車安全最大的不定時炸彈。
台鐵「車上ATP」設備問題如此嚴重，但前瞻基礎建設中台鐵所編列「自動列車防護系統效能提升」預算，卻是花在「地面ATP」設備的建置。
前瞻計畫花7億提升ATP效能，全用在地面ATP建置
根據前瞻基礎建設計畫第二期特別預算（2019-2020年），交通部未來2年的「軌道建設」金額高達422億元，其中，「台鐵升級及改善東部服務」編列203.7億元最高，「都市推動捷運」編列104.6億元次之，再其次是「鐵路立體化及通勤提速」，編列93.6億元。
「台鐵升級及改善東部服務」雖然金額最高，但主要係用在南迴鐵路電氣化（111.6億元）、軌道技術研究暨驗證中心（16.9億元），台鐵自動列車防護系統（ATP）效能提升及平交道防護設備更新，係編列在「台鐵電務智慧化提升計畫」項下（71.1億元），台鐵主管表示，ATP效能提升的預算總經費為7億元左右，全部係用在「地面ATP」設備的建置。
事實上，台鐵ATP效能提升目的，主要是因應桃園、台中、台南、高雄等地台鐵捷運化，為提升區間車之速度，在站內增設第三塊感應板，台鐵主管表示，通勤電聯車車廂數目較少，現有車站之ATP感應板，係為車身較長的高速列車設計，站內增設第三塊感應板的建置，可以讓區間車通過第三塊感應板之後提早加速。
另外，台鐵也計畫透過未來2年的「ATP效能提升計畫」，將目前環島鐵路297處地面ATP設備增設偵測系統，未來哪個感應板發生問題，就會自動傳輸訊號到中控中心。台鐵電務處處長陳瑞聰表示，「地面ATP設備完成優化後，車上ATP設備效能也會跟著提升。」
不過，本次普悠瑪事故，肇事主因為普悠瑪「車上ATP」設備與遠端監測系統，台鐵副局長徐仁財表示，在普悠瑪事故後，台鐵機務處針對「車上ATP」系統改善的相關預算已經在著手研議，「未來一定會編列相關預算」，經費也不會是問題，包括台鐵整體購置及汰換車輛的10年計畫 (自2015年-2024年)，也會確實落實「車上ATP」系統與遠端監測系統的建置與審驗。
