1947年2月27日晚間，曾璧中與公署教育處中等教育科科長曾德培、臺灣省立基隆中學校長鍾浩東、臺灣省立成功中學校長梁惠溥在臺北市太平町用餐，路過天馬茶房，見路人圍攏，次日上午上班，始知前日發生臺灣省專賣局查緝員執法不當與民眾發生衝突，民眾騷動。下午，民眾前赴長官公署請願，遭衛兵槍擊，秩序大亂，二二八事變全面爆發。公署在臺灣省參議會建議下同意成立臺灣省二二八事件處理委員會，各縣市則陸續成立分會管理危機。3月2日陳儀請求國民政府主席蔣中正增兵臺灣，3月4日花蓮《東臺日報》日文版刊出報導，指有人謀建「新華民國」，次日首都憲兵司令部司令張鎮即向蔣中正提出報告，指事件已演變至叛國奪取政權階段，終於使蔣中正決心派遣國軍來臺鎮壓，7日處委會提出《政治大綱》，主張臺灣高度自治，為陳儀視為叛亂。3月8日下午，憲兵第4團第21團兩營首先搭乘海平輪登陸基隆，次日凌晨太康輪載送整編第21師抵臺。陳儀於3月10日宣布臺灣全省戒嚴，解散處委會而指控其為叛亂，並令憲兵第4團駐臺特高組刑事組展開秘密逮捕，即密裁。11日下午，七名便衣憲兵銜命至東門町曾璧中家，偽稱宣傳委員會傳其前往且態度惡劣，曾璧中不識來人，感覺有異，託稱曾璧中本人不在，乃自自家後門出逃，值公署與國軍以飛機散發布戒嚴傳單，街上人群雜遢，得以乘隙兔脫，便衣憲兵則押著曾夫人丘氏在街上問話，公務車則在東門町巡邏到深夜。夏濤聲聽聞曾璧中出事，親至警總詢問第二處處長廈大校友林秀欒和向憲兵第四團特高組關心，方知同日被捕的國民大會代表林連宗、臺灣省參議員林桂瑞、臺北市律師公會理事長李瑞峰皆已遭到槍決，其他如省教育處副處長宋斐如，國立臺灣大學文學院院長林茂生等百數十人均遭逮捕而下落不明。曾璧中得到楊姓友人安排，避居幸町六條通某臺灣人家中數日，後由內弟丘秉益帶至基隆要塞司令部藏匿。3月17日，國防部長白崇禧率三民主義青年團中央團部處長蔣經國等人員來臺宣慰，次日巡視基隆要塞，由司令史宏熹私下安排觀光。蔣經國基隆此行很可能遇見了曾璧中，曾璧中初到桂林時，蔣經國的情人章亞若也在當地，而猝死於桂林醫院。學者曾德宜推論蔣經國的基隆之行，保護了曾璧中，讓曾璧中日後得以順利自臺灣脫身。被陳儀下令密裁而能倖存的，除了曾璧中，另一個有名的，就是蔣渭水的弟弟，臺灣省政治建設協會常務理事蔣渭川，臺灣本土政治領袖。
曾璧中在基隆以電報聯絡上他的堂哥曾潛英，曾潛英是山東湯恩伯第一兵團中將副參謀長，和副司令官李延年都是中國國民黨陸軍軍官學校第一期校友，就薦舉他擔任第一兵團副司令官少將機要室主任兼機要秘書。3月前往山東臨沂就任。4月，魏道明出任臺灣省政府主席，臺灣解除戒嚴，曾璧中受任為臺灣省政府民政廳專門委員而不就。5月，在山東目睹孟良崮之役整編第74師張靈甫部遭到中國人民解放軍華東野戰軍陳毅殲滅。秋天，李延年出任第二兵團司令官兼陸軍總司令部徐州司令部副司令，曾璧中跟隨赴任。1948年元旦，請假來臺，住新竹縣長鄒清之家中，欲追究遭構陷緣由經過，一度向中國國民黨中央統計局在臺人員臺灣省政府委員兼社會處長李翼中與中國國民黨臺灣省黨部組織訓練處長徐白光等粵東客家同鄉探詢，為臺灣省黨部主任委員丘念台、立法委員黃國書、鄒清之等客家半山政治菁英勸阻。
