總結來看，蒙古國欲建立自主完整的稀土產業鏈，在許多方面均面臨重大挑戰。例如：
1、政策與法規
蒙古國缺乏稀土和具有戰略關鍵金屬的完善政策與法律環境，導致許多合資案在政局更迭與政策搖擺中陷入兩難。前述蒙古最大的銅金礦Oyu Tolgoi就是一例。本合資案2001年即展開，但因預算超支，以致投資者英澳礦業巨擘 Rio Tinto (力拓集團，現擁有66%礦權)，和擁有34%礦權的蒙古政府爭端不斷，直到2022年底Rio Tinto才以豁免蒙古政府24億美元債務讓爭端暫時落幕。 類似的爭端還包括一度實施的礦產收歸國有、已招標案作廢重來，以及外資需支付極高額礦稅等等，在法律不完備、中央法規無法貫徹到地方之前，外資難免會有所遲疑。
2、環保與生態
環保爭議與社會衝擊面亟需謀求妥善處理機制。鑒於稀土在礦脈中的分布極為稀薄，且部分元素還含有危險的輻射物質，因此開採稀土所付出的環境成本遠高於一般礦物，可以想見未來將會面臨國內的強大反對聲音，畢竟和採礦業並列蒙古國兩大經濟支柱的，正是需要廣袤游牧用地與乾淨水源的畜牧業。
從環保來看，稀土在開採洗選與分離、純化的過程中，需要消耗大量的能源和水資源，這對於本就氣候乾燥的蒙古國、特別是水資源極度稀缺的南戈壁礦區而言，生態負擔令人憂心。而如何處理稀土礦開採洗選階段所產生的巨量有毒礦渣、含重金屬的廢水、放射性廢物、二氧化碳和二氧化硫等大氣污染物，是連西方國家也感棘手的難題，只要看看美國最大的稀土礦Mountain Pass幾度因環保爭議關閉，且儘管歐美先進國家已將建立稀土產業鏈提升至國安最高層級，但通過審核正式開採的本土新礦源幾乎為零，就知道稀土礦開採的環保難度。
3、資源與技術
蒙古國稀土礦的經濟效益仍需評估。由於蒙古國稀土礦各元素的氧化物濃度參差不齊，開採的經濟可行性尚未獲得保證。回顧過去數十年，蒙古國雖一直藉各種礦業資源以招睞外資，但始終停留在賣資源賺錢階段，對技術提升、人才培育與產業開發的投入不多，偏偏稀土產業缺的不是礦源，而是漫長產業鏈中，無數環節所需的技術。除前述因稀土極度分散所致的高難度開採技術外，稀土家族的17種元素往往數種混合伴生，要想把它們一一分離、純化，更需要極高的技術。連美國的Mountain Pass礦產都須出口中國進行分離、提純與產品開發，蒙古國光靠礦產資源，對協助西方陣營建立自主稀土產業鏈能有多大助力，仍然存疑。
