國民政府播遷來臺後，在眾多接受日本農學教育學者的堅持與誤導下，仍遵循舊有的錯誤林業政策，由於柳杉結實率非常低，因此在1990年（民國八十年代）前，每年都需要從日本進口大批柳杉種子，最高峰時每年需從日本進口60,000公升的種子。至今柳杉在臺灣的種植已經進入第三代，除了林相單調造成土壤愈來愈貧脊，使得樹幹愈來愈細外，最麻煩的是柳杉至今仍無法在臺灣的野地繁衍（無法自行育種），也就是說──如果沒有人為種植，柳杉最終將在臺灣消失（註七）。
同一時間，國府的林業單位也開始嘗試復育臺灣特有原生本土樹種。隨著山林保育的觀念崛起，1989年（民國七十八年）起，政府的林業政策基本上是禁止採伐原始林木的，到1992年（民國八十一年度）正式全面禁伐天然林。這使得山林得到喘息，但專家也指出，若沒有適度的疏伐與撫育管理，仍然會影響樹木的生長與發育。因為種植過密的樹林，陽光無法照射進來，使得樹冠層之下只有逕流以及很厚的腐植質，這並不利於野生動物的生長繁殖，適度的疏伐可以讓陽光進入，就可以讓地被物（Ground-cover）活起來，吸引囓齒類動物進入，才能讓整個生態系活過來。一般檜木的可伐期定為80年，臺灣森林面積有210萬公頃、覆蓋率超過58％（註八），在世界的排名屬於前段班次。
過度砍伐樟樹 導致臺灣失去樟樹王國美譽
為了推行樟腦專賣，日本總督府在1918年開始實施全島樟樹清查，原本希望能在三年內調查完成，但實施之後才發覺困難度比預估底高出太多，最後耗費兩倍的時間，終於在1924年完成。當時估計全臺樟樹分佈面積約有110多萬甲，計有180餘株，換算可煉製樟腦1億500萬斤，以年產量500萬斤來計算，推估可砍伐約20～30年（註九）。第二次世界大戰結束前，化學工業尚未像今日這樣發達，樟腦可以用來生產賽璐珞（Celluloid Nitrate，以硝化纖維和樟腦製作出來類似人造塑膠的熱可塑性樹脂）、無煙火藥等，當然也是醫療用品、香料的重要原料之一，因此樟腦被日本人當成「戰略物質」而拼命囤積。這使得原本遍佈臺灣中低海拔（1,500公尺）的天然樟樹林，漸漸被被砍伐殆盡。之後日本人因燃料需求暢旺，木炭的生產持續上揚，為了提供足夠的相思樹木材（Acacia confusa，又名：臺灣相思、香絲樹、相思仔、假葉豆）來製作木炭，於是在砍伐了樟樹之後就補種上原產於恆春半島，屬於耐旱、防風的相思木。相思樹之名，緣自晉朝干寶（286～336）所寫的《搜神記》：「大夫韓馮妻美，宋康王奪之，馮自殺，妻投台下死。王怒，令塚相望。宿昔有文梓木，生二塚端，根交於下，枝錯其上，宋王哀之，因號其木爲相思樹。」（註十）
